### R code from vignette source 'Prostar_UserManual.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: installProstaRBiocond (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("Prostar") ################################################### ### code chunk number 3: runProstarStandalone (eval = FALSE) ################################################### ## library(Prostar) ## Prostar() ################################################### ### code chunk number 4: getProstarInstallDir (eval = FALSE) ################################################### ## installed.packages()["Prostar","LibPath"] ################################################### ### code chunk number 5: installDAPARBiocond (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("DAPAR") ################################################### ### code chunk number 6: installDAPARdata (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("DAPARdata") ################################################### ### code chunk number 7: getDAPARdataInstallDir (eval = FALSE) ################################################### ## installed.packages()["DAPARdata","LibPath"] ################################################### ### code chunk number 8: sessionLog (eval = FALSE) ################################################### ## getProcessingInfo(obj) ################################################### ### code chunk number 9: diffAnalysis (eval = FALSE) ################################################### ## res <- diffAnaLimma(imputed_dataset, condition1, condition2) ## obj <- diffAnaSave(imputed_dataset, res, "limma", condition1, condition2) ################################################### ### code chunk number 10: GOClassif (eval = FALSE) ################################################### ## ggo <- group_GO(data, idFrom="UNIPROT", orgdb=org.Hs.eg.db, ont="MF", level=2) ## barplotGroupGO_HC(ggo) ################################################### ### code chunk number 11: GOEnrichment (eval = FALSE) ################################################### ## univ.Hs<-univ_AnnotDbPkg(org.Hs.eg.db) ## ego<-group_GO(data, idFrom="UNIPROT", orgdb=org.Hs.eg.db, ont="MF", ## universe=univ.Hs, pval=0.05, pAdjustMethod="BH") ## barplotEnrichGO_HC(ego) ## scatterplotEnrichGO_HC(ego) ################################################### ### code chunk number 12: sessioninfo ################################################### toLatex(sessionInfo())