### R code from vignette source 'CorMut.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: CorMut.Rnw:70-75 ################################################### library(CorMut) examplefile=system.file("extdata","PI_treatment.aln",package="CorMut") examplefile02=system.file("extdata","PI_treatment_naive.aln",package="CorMut") example=seqFormat(examplefile) example02= seqFormat(examplefile02) ################################################### ### code chunk number 2: CorMut.Rnw:78-81 ################################################### result=kaksCodon(example) fresult=filterSites(result) head(fresult) ################################################### ### code chunk number 3: CorMut.Rnw:84-87 ################################################### result=kaksAA(example) fresult=filterSites(result) head(fresult) ################################################### ### code chunk number 4: CorMut.Rnw:90-91 ################################################### result=ckaksCodon(example) ################################################### ### code chunk number 5: CorMut.Rnw:94-95 ################################################### plot(result) ################################################### ### code chunk number 6: CorMut.Rnw:98-100 ################################################### fresult=filterSites(result) head(fresult) ################################################### ### code chunk number 7: CorMut.Rnw:103-104 ################################################### result=ckaksAA(example) ################################################### ### code chunk number 8: CorMut.Rnw:107-108 ################################################### plot(result) ################################################### ### code chunk number 9: CorMut.Rnw:111-113 ################################################### fresult=filterSites(result) head(fresult) ################################################### ### code chunk number 10: CorMut.Rnw:118-119 ################################################### result=miCodon(example) ################################################### ### code chunk number 11: CorMut.Rnw:122-123 ################################################### plot(result) ################################################### ### code chunk number 12: CorMut.Rnw:126-128 ################################################### fresult=filterSites(result) head(fresult) ################################################### ### code chunk number 13: CorMut.Rnw:134-135 ################################################### result=miAA(example) ################################################### ### code chunk number 14: CorMut.Rnw:138-139 ################################################### plot(result) ################################################### ### code chunk number 15: CorMut.Rnw:142-144 ################################################### fresult=filterSites(result) head(fresult) ################################################### ### code chunk number 16: CorMut.Rnw:151-152 ################################################### result=jiAA(example) ################################################### ### code chunk number 17: CorMut.Rnw:155-156 ################################################### plot(result) ################################################### ### code chunk number 18: CorMut.Rnw:159-161 ################################################### fresult=filterSites(result) head(fresult) ################################################### ### code chunk number 19: CorMut.Rnw:167-169 ################################################### biexample=biCkaksAA(example02,example) result=biCompare(biexample) ################################################### ### code chunk number 20: CorMut.Rnw:173-174 ################################################### plot(result)