### R code from vignette source 'vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: start ################################################### library(CGEN) ################################################### ### code chunk number 2: load data ################################################### data(Xdata, package="CGEN") Xdata[1:5, ] ################################################### ### code chunk number 3: dummy vars ################################################### for (a in unique(Xdata[, "age.group"])) { dummyVar <- paste("age.group_", a, sep="") Xdata[, dummyVar] <- 0 temp <- Xdata[, "age.group"] == a if (any(temp)) Xdata[temp, dummyVar] <- 1 } ################################################### ### code chunk number 4: table ################################################### table(Xdata[, "case.control"], Xdata[, "age.group"], exclude=NULL) ################################################### ### code chunk number 5: snp.logistic ################################################### mainVars <- c("oral.years", "n.children", "age.group_1", "age.group_2", "age.group_3", "age.group_5") fit <- snp.logistic(Xdata, "case.control", "BRCA.status", main.vars=mainVars, int.vars=c("oral.years", "n.children"), strata.var="ethnic.group") ################################################### ### code chunk number 6: summary table ################################################### getSummary(fit) ################################################### ### code chunk number 7: Wald test ################################################### getWaldTest(fit, c("BRCA.status", "BRCA.status:oral.years", "BRCA.status:n.children")) ################################################### ### code chunk number 8: print table ################################################### table(Xdata$case.control, Xdata$ethnic.group) ################################################### ### code chunk number 9: getMatchedSets ################################################### library("cluster") size <- ifelse(Xdata$ethnic.group == 3, 3, 4) d <- daisy(Xdata[,c("age.group_1","gynSurgery.history","BRCA.history")]) mx <- getMatchedSets(d, CC=TRUE, NN=TRUE, ccs.var = Xdata$case.control, strata.var = Xdata$ethnic.group, size = size, fixed = TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: Xdata ################################################### mx$CC[1:10] mx$tblCC Xdata <- cbind(Xdata, CCStrat = mx$CC, NNStrat = mx$NN) Xdata[1:5,] ################################################### ### code chunk number 11: snp.matched ################################################### intVars <- ~ oral.years + n.children snpVars <- ~ BRCA.status fit <- snp.matched(Xdata, "case.control", snp.vars=snpVars, main.vars=intVars, int.vars=intVars, cc.var="CCStrat", nn.var="NNStrat") ################################################### ### code chunk number 12: summary table 2 ################################################### getSummary(fit, method = c("CLR", "CCL")) ################################################### ### code chunk number 13: Wald test 2 ################################################### getWaldTest(fit$HCL, c( "BRCA.status" , "BRCA.status:oral.years" , "BRCA.status:n.children")) ################################################### ### code chunk number 14: sessionInfo ################################################### sessionInfo()