### R code from vignette source 'plotAlongChrom.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: load ################################################### library("grid") library("RColorBrewer") library("tilingArray") ################################################### ### code chunk number 2: errorReporting ################################################### options(error=recover, warn=0, digits=3) ################################################### ### code chunk number 3: showTilingArrayData ################################################### data("segnf") class(segnf) ls(segnf) segnf$"1.+" head(segnf$"1.+"@y) dim(segnf$"1.+"@y) head(segnf$"1.+"@x) length(segnf$"1.+"@x) segnf$"1.+"@logLik segnf$"1.+"@nrSegments head(segnf$"1.+"@breakpoints[[segnf$"1.+"@nrSegments]]) ################################################### ### code chunk number 4: gffSub ################################################### data(gffSub) head(gffSub) ################################################### ### code chunk number 5: alongChromDot1 ################################################### grid.newpage() plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="dots", gff=gffSub) ################################################### ### code chunk number 6: alongChromDot2 ################################################### segObj = new.env(parent = baseenv()) nmLabel = colnames(segnf$"1.+"@y) lab = gsub("\\d","",nmLabel) for(nm in paste(1,c("+","-"),sep=".")){ s = get(nm,env = segnf) rpY = tapply(1:length(lab),lab,function(i)rowMeans(s@y[,i])) s@y = do.call(cbind,rpY) assign(nm,s,segObj) } grid.newpage() plotAlongChrom(segObj,chr=1, coord=c(35000,50000),what="dots", gff=gffSub,sepPlot = T) ################################################### ### code chunk number 7: alongChromHeatmap1 ################################################### grid.newpage() plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="heatmap", gff=gffSub, rowNamesHeatmap=nmLabel,makeRasterImage=FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: alongChromHeatmap2 ################################################### grid.newpage() plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="heatmap", gff=gffSub, rowNamesHeatmap=nmLabel,makeRasterImage=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: alongChromHeatmap3 ################################################### grid.newpage() plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="heatmap", gff=gffSub, rowNamesHeatmap=nmLabel,makeRasterImage=TRUE, colHeatmap = colorRamp(brewer.pal(9, "Blues")))