### R code from vignette source 'segmentSeq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Chr1", ">Chr2"), chrlens = chrlens, polyLength = 10, header = TRUE, gap = 200) aD ################################################### ### code chunk number 5: segmentSeq.Rnw:66-68 ################################################### sD <- processAD(aD, gap = 100, cl = cl) sD ################################################### ### code chunk number 6: segmentSeq.Rnw:77-78 ################################################### hS <- heuristicSeg(sD = sD, aD = aD, RKPM = 1000, largeness = 1e8, getLikes = TRUE, cl = cl) ################################################### ### code chunk number 7: segmentSeq.Rnw:90-92 ################################################### classSegs <- classifySeg(sD = sD, aD = aD, cD = hS, cl = cl) classSegs ################################################### ### code chunk number 8: segPlot ################################################### par(mfrow = c(2,1), mar = c(2,6,2,2)) plotGenome(aD, hS, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5), showNumber = FALSE, cap = 50) plotGenome(aD, classSegs, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5), showNumber = FALSE, cap = 50) ################################################### ### code chunk number 9: figSeg ################################################### par(mfrow = c(2,1), mar = c(2,6,2,2)) plotGenome(aD, hS, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5), showNumber = FALSE, cap = 50) plotGenome(aD, classSegs, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5), showNumber = FALSE, cap = 50) ################################################### ### code chunk number 10: segmentSeq.Rnw:123-125 ################################################### loci <- selectLoci(classSegs, FDR = 0.05) loci ################################################### ### code chunk number 11: segmentSeq.Rnw:131-132 ################################################### groups(classSegs) <- list(NDE = c(1,1,1,1), DE = c("AGO6", "AGO6", "AGO4", "AGO4")) ################################################### ### code chunk number 12: segmentSeq.Rnw:136-137 ################################################### classSegs <- getPriors(classSegs, cl = cl) ################################################### ### code chunk number 13: segmentSeq.Rnw:141-142 ################################################### classSegs <- getLikelihoods(classSegs, nullData = TRUE, cl = cl) ################################################### ### code chunk number 14: segmentSeq.Rnw:147-148 ################################################### topCounts(classSegs, NULL, number = 3) ################################################### ### code chunk number 15: segmentSeq.Rnw:153-154 ################################################### topCounts(classSegs, "NDE", number = 3) ################################################### ### code chunk number 16: segmentSeq.Rnw:159-160 ################################################### topCounts(classSegs, "DE", number = 3) ################################################### ### code chunk number 17: