### R code from vignette source 'proteinProfiles.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: proteinProfiles.Rnw:15-16 ################################################### if(exists(".orig.enc")) options(encoding = .orig.enc) ################################################### ### code chunk number 2: settings ################################################### set.seed(1) options(width=65) ################################################### ### code chunk number 3: load_package ################################################### library(proteinProfiles) ################################################### ### code chunk number 4: install_package (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("proteinProfiles") ################################################### ### code chunk number 5: getting_help (eval = FALSE) ################################################### ## vignette(package="proteinProfiles") ## vignette("proteinProfiles") ## ?profileDistance ################################################### ### code chunk number 6: load_dataset ################################################### data(ips_sample) ls() ################################################### ### code chunk number 7: explore_ratios ################################################### head(ratios) ################################################### ### code chunk number 8: explore_annotation ################################################### colnames(annotation) ################################################### ### code chunk number 9: remove_na ################################################### ratios_filtered <- filterFeatures(ratios, 0.3, verbose=TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: grep_anno_protein_name ################################################### names(annotation) index_28S <- grepAnnotation(annotation, pattern="^28S", column="Protein.Name") index_28S ################################################### ### code chunk number 11: grep_anno_ribosome_kegg ################################################### index_ribosome <- grepAnnotation(annotation, "Ribosome", "KEGG") index_ribosome ################################################### ### code chunk number 12: profile_1 ################################################### z1 <- profileDistance(ratios, index_28S) z1$d0 z1$p.value plotProfileDistance(z1) ################################################### ### code chunk number 13: profile_2 ################################################### z2 <- profileDistance(ratios, index_ribosome, nSample=2000) plotProfileDistance(z2) ################################################### ### code chunk number 14: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)