### R code from vignette source 'missingValues.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: missingValues.Rnw:43-44 ################################################### library(pcaMethods) ################################################### ### code chunk number 2: missingValues.Rnw:46-49 ################################################### data(metaboliteData) mD <- metaboliteData sum(is.na(mD)) ################################################### ### code chunk number 3: missingValues.Rnw:52-54 ################################################### pc <- pca(mD, nPcs=3, method="ppca") imputed <- completeObs(pc) ################################################### ### code chunk number 4: missingValues.Rnw:58-61 ################################################### data(metaboliteDataComplete) mdComp <- metaboliteDataComplete sum((mdComp[is.na(mD)] - imputed[is.na(mD)])^2) / sum(mdComp[is.na(mD)]^2) ################################################### ### code chunk number 5: missingValues.Rnw:64-66 ################################################### imputedNipals <- completeObs(pca(mD, nPcs=3, method="nipals")) sum((mdComp[is.na(mD)] - imputedNipals[is.na(mD)])^2) / sum(mdComp[is.na(mD)]^2) ################################################### ### code chunk number 6: missingValues.Rnw:71-80 ################################################### library(Biobase) data(sample.ExpressionSet) exSet <- sample.ExpressionSet exSetNa <- exSet exprs(exSetNa)[sample(13000, 200)] <- NA lost <- is.na(exprs(exSetNa)) pc <- pca(exSetNa, nPcs=2, method="ppca") impExSet <- asExprSet(pc, exSetNa) sum((exprs(exSet)[lost] - exprs(impExSet)[lost])^2) / sum(exprs(exSet)[lost]^2)