### R code from vignette source 'Vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Vignette.Rnw:67-70 ################################################### library(oposSOM) env <- opossom.new(list(dataset.name="Tissues", dim.1stLvlSom=20)) ################################################### ### code chunk number 2: Vignette.Rnw:77-81 ################################################### data(opossom.tissues) str(opossom.tissues, vec.len=3) env$indata <- opossom.tissues ################################################### ### code chunk number 3: Vignette.Rnw:87-94 ################################################### data(opossom.tissues) library(Biobase) opossom.tissues.eset = ExpressionSet(assayData=opossom.tissues) opossom.tissues.eset env$indata <- opossom.tissues.eset ################################################### ### code chunk number 4: Vignette.Rnw:104-113 ################################################### env$group.labels <- c(rep("Homeostasis", 2), "Endocrine", "Digestion", "Exocrine", "Epithelium", "Reproduction", "Muscle", rep("Immune System", 2), rep("Nervous System", 2) ) ################################################### ### code chunk number 5: Vignette.Rnw:115-124 ################################################### env$group.colors <- c(rep("gold", 2), "red2", "brown", "purple", "cyan", "pink", "green2", rep("blue2", 2), rep("gray", 2) ) ################################################### ### code chunk number 6: Vignette.Rnw:130-152 ################################################### group.info <- data.frame( group.labels = c(rep("Homeostasis", 2), "Endocrine", "Digestion", "Exocrine", "Epithelium", "Reproduction", "Muscle", rep("Immune System", 2), rep("Nervous System", 2) ), group.colors = c(rep("gold", 2), "red2", "brown", "purple", "cyan", "pink", "green2", rep("blue2", 2), rep("gray", 2) ), row.names=colnames(opossom.tissues)) ################################################### ### code chunk number 7: Vignette.Rnw:154-159 ################################################### opossom.tissues.eset = ExpressionSet(assayData=opossom.tissues, phenoData=AnnotatedDataFrame(group.info) ) opossom.tissues.eset env$indata <- opossom.tissues.eset ################################################### ### code chunk number 8: Vignette.Rnw:169-170 ################################################### # opossom.run(env) ################################################### ### code chunk number 9: Vignette.Rnw:301-306 ################################################### env$preferences$pairwise.comparison.list <- list(list(c("liver","kidney cortex"), c("accumbens","cerebral cortex")), list(c("tongue"), c("accumbens","cerebral cortex"))) ################################################### ### code chunk number 10: Vignette.Rnw:346-347 ################################################### sessionInfo()