### R code from vignette source 'macat.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: macat.Rnw:468-471 ################################################### library(macat) loaddatapkg("stjudem") data(stjude) ################################################### ### code chunk number 2: macat.Rnw:478-479 ################################################### summary(stjude) ################################################### ### code chunk number 3: macat.Rnw:482-483 ################################################### stjude$geneName[1:10] ################################################### ### code chunk number 4: macat.Rnw:486-488 ################################################### unique(stjude$labels) table(stjude$labels) ################################################### ### code chunk number 5: macat.Rnw:492-493 ################################################### sum(stjude$chromosome==1) ################################################### ### code chunk number 6: macat.Rnw:497-498 (eval = FALSE) ################################################### ## plotSliding(stjude, 6, sample=3, kernel=rbf) ################################################### ### code chunk number 7: macat.Rnw:520-522 (eval = FALSE) ################################################### ## evalkNN6 = evaluateParameters(stjude, class="T", chromosome=6, kernel=kNN, ## paramMultipliers=c(0.01,seq(0.1,2.0,0.1),2.5))