### R code from vignette source 'iontree_doc.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: iontree_doc.Rnw:26-34 ################################################### rm(list=ls()) library(iontree) library(iontreeData) data(MS2RAW) data(MS3RAW) ls() length(MS2RAW) attributes(MS2RAW[[1]]) ################################################### ### code chunk number 2: iontree_doc.Rnw:37-39 ################################################### mzxml=system.file("mzxml/DIMS1.mzXML", package="iontreeData") getMetaInfo(mzxml) ################################################### ### code chunk number 3: iontree_doc.Rnw:47-61 ################################################### mz=554.5 mzDelta=0.5 mzRange=c(mz-mzDelta, mz+mzDelta) rtRange=c(0,600) idx=hasMS2(MS2RAW, mzRange, rtRange) idx.ms2=idx[1] ms2=MS2RAW[[idx.ms2]] ms3=MS3RAW[[idx.ms2]] tree1=buildIonTree(mzRange, rtRange=c(0, 600), ms2, ms3) tree1 plot(tree1) ################################################### ### code chunk number 4: iontree_doc.Rnw:72-85 ################################################### dbname=system.file("db/mzDB.db", package = "iontreeData") db=dbConnect(dbDriver("SQLite"), dbname) sql="SELECT mz, ms2, ms3 FROM mz WHERE mz=596" q1=dbSendQuery(db, sql) rs=fetch(q1, n=-1) dim(rs) t1=rs2iontree(rs) dbClearResult(q1) dbDisconnect(db) plot(t1[[1]]) ################################################### ### code chunk number 5: iontree_doc.Rnw:92-97 ################################################### query=t1[[1]]@MS3[[2]]$sp3 premz=t1[[1]]@MS3[[2]]$premz premz searchMS2(query, premz, dbname, scoreFun="d") ################################################### ### code chunk number 6: iontree_doc.Rnw:100-101 ################################################### searchMS2(query, premz, dbname, scoreFun="t") ################################################### ### code chunk number 7: iontree_doc.Rnw:104-105 ################################################### searchMS2(query, premz, dbname, scoreFun="c") ################################################### ### code chunk number 8: iontree_doc.Rnw:114-130 ################################################### dbname=system.file("db/mzDB.db", package = "iontreeData") db=dbConnect(dbDriver("SQLite"), dbname) sql="SELECT mz, ms2, ms3 FROM mz WHERE mz=244" q1=dbSendQuery(db, sql) rs=fetch(q1, n=-1) dim(rs) t1=rs2iontree(rs) dbClearResult(q1) dbDisconnect(db) x=t1[[1]]@MS2 dim(x) y=topIons(query[,1], query[,2], top=nrow(x)) x y round(cor(x[,2], y[,2]),2) ################################################### ### code chunk number 9: iontree_doc.Rnw:145-146 ################################################### sessionInfo()