### R code from vignette source 'intansvOverview.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=72) ################################################### ### code chunk number 2: biocLite (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("intansv") ################################################### ### code chunk number 3: initialize ################################################### library(intansv) ################################################### ### code chunk number 4: read in results of BreakDancer ################################################### breakdancer <- readBreakDancer(system.file("extdata/ZS97.breakdancer.sv", package="intansv")) str(breakdancer) ################################################### ### code chunk number 5: read in results of cnvnator ################################################### cnvnator <- readCnvnator(system.file("extdata/cnvnator",package="intansv")) str(cnvnator) ################################################### ### code chunk number 6: read in results of SVseq2 ################################################### svseq <- readSvseq(system.file("extdata/svseq2",package="intansv")) str(svseq) ################################################### ### code chunk number 7: read in results of DELLY ################################################### delly <- readDelly(system.file("extdata/delly",package="intansv")) str(delly) ################################################### ### code chunk number 8: read in results of Pindel ################################################### pindel <- readPindel(system.file("extdata/pindel",package="intansv")) str(pindel) ################################################### ### code chunk number 9: read in results of Lumpy ################################################### lumpy <- readLumpy(system.file("extdata/ZS97.lumpy.pesr.bedpe", package="intansv")) str(lumpy) ################################################### ### code chunk number 10: read in results of softSearch ################################################### softSearch <- readSoftSearch(system.file("extdata/ZS97.softsearch",package="intansv")) str(softSearch) ################################################### ### code chunk number 11: MethodsMerge ################################################### sv_all_methods <- methodsMerge(breakdancer,pindel,cnvnator,delly,svseq) str(sv_all_methods) ################################################### ### code chunk number 12: MethodsMerge ################################################### sv_all_methods.nopindel <- methodsMerge(breakdancer,cnvnator,delly,svseq) str(sv_all_methods.nopindel) ################################################### ### code chunk number 13: read in Gff files into R ################################################### library(rtracklayer) msu_gff_v7 <- import.gff(system.file("extdata/chr05_chr10.gff3", package="intansv"), asRangedData=FALSE) head(msu_gff_v7) ################################################### ### code chunk number 14: sv annotation ################################################### load(system.file("extdata/genome.anno.RData",package="intansv")) sv_all_methods.anno <- llply(sv_all_methods,svAnnotation, genomeAnnotation=msu_gff_v7) names(sv_all_methods.anno) head(sv_all_methods.anno$del) ################################################### ### code chunk number 15: genomic_distribution ################################################### genome plotChromosome(genome,sv_all_methods,1000000) ################################################### ### code chunk number 16: region_visualization ################################################### head(msu_gff_v7,n=3) plotRegion(sv_all_methods,msu_gff_v7,"chr05",1,200000) ################################################### ### code chunk number 17: intansvOverview.Rnw:294-295 ################################################### sessionInfo()