### R code from vignette source 'flowCL.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadlibs ################################################### library("flowCL") ################################################### ### code chunk number 2: Load_archive ################################################### flowCL("Archive") ################################################### ### code chunk number 3: Date ################################################### flowCL("Date") ################################################### ### code chunk number 4: CCR7+CD45RA+_with_visual ################################################### Res <- flowCL("CCR7+CD45RA+") Res$Table tmp <- Res$'CCR7+CD45RA+' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) ################################################### ### code chunk number 5: CCR7+CD45RA+_without_visual ################################################### Res <- flowCL("CCR7+CD45RA+", VisualSkip = TRUE, ResetArch=FALSE, KeepArch=TRUE) ################################################### ### code chunk number 6: CCR7+CD45RA+CD8+ ################################################### Res <- flowCL("CD3+CD4+CD8-CCR7-CD45RA+", CompInfo = TRUE, OntolNamesTD = TRUE) tmp <- Res$'CD3+CD4+CD8-CCR7-CD45RA+' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) ################################################### ### code chunk number 7: HIPC1 ################################################### Res <- flowCL(c("CD3-CD19-CD20-CD14-HLA-DR-CD16-CD56hi", "CD3+CD4-CD8+CCR7-CD45RA+")) tmp <- Res$'CD3-CD19-CD20-CD14-HLA-DR-CD16-CD56hi' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) Res$Cell_Labels$'CD3-CD19-CD20-CD14-HLA-DR-CD16-CD56hi' Res$Ranking$'CD3-CD19-CD20-CD14-HLA-DR-CD16-CD56hi' Res$Markers$'CD3-CD19-CD20-CD14-HLA-DR-CD16-CD56hi' ################################################### ### code chunk number 8: HIPC2 ################################################### tmp <- Res$'CD3+CD4-CD8+CCR7-CD45RA+' plot(tmp[[1]], nodeAttrs=tmp[[2]], edgeAttrs=tmp[[3]], attrs=tmp[[4]]) Res$Cell_Labels$'CD3+CD4-CD8+CCR7-CD45RA+' Res$Ranking$'CD3+CD4-CD8+CCR7-CD45RA+' Res$Markers$'CD3+CD4-CD8+CCR7-CD45RA+' ################################################### ### code chunk number 9: CD3+CD4+CD8-CCR7-CD45RA- ################################################### x <-"CD3+CD4+CD8-CCR7-CD45RA-" Res <- flowCL(x) Res$Cell_Label[[x]][[1]]