### R code from vignette source 'dagLogo.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: fetchSequences ################################################### library(dagLogo) library(biomaRt) mart <- useMart("ensembl", "dmelanogaster_gene_ensembl") dat <- read.csv(system.file("extdata", "dagLogoTestData.csv", package="dagLogo")) dat <- dat[1:5,] ##subset to speed sample dat try({ seq <- fetchSequence(as.character(dat$entrez_geneid), anchorPos=as.character(dat$NCBI_site), mart=mart, upstreamOffset=7, downstreamOffset=7) head(seq@peptides) }) ################################################### ### code chunk number 3: formatSequence ################################################### dat <- unlist(read.delim(system.file("extdata", "grB.txt", package="dagLogo"), header=F, as.is=TRUE)) head(dat) ##prepare proteome from a fasta file proteome <- prepareProteome(fasta=system.file("extdata", "HUMAN.fasta", package="dagLogo")) ##prepare object of dagPeptides seq <- formatSequence(seq=dat, proteome=proteome, upstreamOffset=14, downstreamOffset=15) ################################################### ### code chunk number 4: prepareProteome ################################################### if(interactive()){ library(UniProt.ws) taxId(UniProt.ws) <- 9606 proteome <- prepareProteome(UniProt.ws=UniProt.ws) } ################################################### ### code chunk number 5: prepareProteome ################################################### bg <- buildBackgroundModel(seq, bg="wholeGenome", proteome=proteome) ################################################### ### code chunk number 6: testDAU ################################################### t0 <- testDAU(seq, bg) t1 <- testDAU(seq, bg, group="classic") t2 <- testDAU(seq, bg, group="charge") t3 <- testDAU(seq, bg, group="chemistry") t4 <- testDAU(seq, bg, group="hydrophobicity") ################################################### ### code chunk number 7: dagHeatmap ################################################### dagHeatmap(t0) ################################################### ### code chunk number 8: dagLogo0 ################################################### dagLogo(t0) ################################################### ### code chunk number 9: dagLogo1 ################################################### dagLogo(t1, namehash=nameHash(t1@group), legend=TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: dagLogo2 ################################################### dagLogo(t2, namehash=nameHash(t2@group), legend=TRUE) ################################################### ### code chunk number 11: dagLogo3 ################################################### dagLogo(t3, namehash=nameHash(t3@group), legend=TRUE) ################################################### ### code chunk number 12: dagLogo4 ################################################### dagLogo(t4, namehash=nameHash(t4@group), legend=TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: CAPmotif ################################################### library(motifStack) protein<-read.table(file.path(find.package("motifStack"),"extdata","cap.txt")) protein<-t(protein[,1:20]) motif<-pcm2pfm(protein) motif<-new("pfm", mat=motif, name="CAP", color=colorset(alphabet="AA",colorScheme="chemistry")) plot(motif) ################################################### ### code chunk number 14: CAPdagLogo ################################################### library(Biostrings) cap <- as.character(readAAStringSet(system.file("extdata", "cap.fasta", package="dagLogo"))) data(ecoli.proteome) seq <- formatSequence(seq=cap, proteome=ecoli.proteome) bg <- buildBackgroundModel(seq, bg="wholeGenome", proteome=ecoli.proteome, permutationSize=10L) t0 <- testDAU(seq, bg) dagLogo(t0) ################################################### ### code chunk number 15: CAPgroup ################################################### t1 <- testDAU(seq, bg, group="chemistry") dagLogo(t1, namehash=nameHash(t1@group), legend=TRUE) ################################################### ### code chunk number 16: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())