### R code from vignette source 'bsseq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: load ################################################### library(bsseq) ################################################### ### code chunk number 3: citation ################################################### print(citation("bsseq"), style = "latex") ################################################### ### code chunk number 4: BSchr22 ################################################### data(BS.chr22) BS.chr22 ################################################### ### code chunk number 5: ov-granges ################################################### head(granges(BS.chr22), n = 4) ################################################### ### code chunk number 6: ov-getCoverage ################################################### head(getCoverage(BS.chr22, type = "M"), n = 4) head(getCoverage(BS.chr22), n = 4) ################################################### ### code chunk number 7: using-examples ################################################### head(start(BS.chr22), n = 4) head(seqnames(BS.chr22), n = 4) sampleNames(BS.chr22) pData(BS.chr22) dim(BS.chr22) BS.chr22[1:6,1] subsetByOverlaps(BS.chr22, GRanges(seqnames = "chr22", ranges = IRanges(start = 1, end = 2*10^7))) ################################################### ### code chunk number 8: data-bsseq ################################################### M <- matrix(0:8, 3, 3) Cov <- matrix(1:9, 3, 3) BStmp <- BSseq(chr = c("chr1", "chrX", "chr1"), pos = 1:3, M = M, Cov = Cov, sampleNames = c("A1","A2", "B")) ################################################### ### code chunk number 9: data-order ################################################### granges(BStmp) BStmp <- orderBSseq(BStmp, seqOrder = c("chr1", "chrX")) granges(BStmp) ################################################### ### code chunk number 10: data-chrSelect ################################################### chrSelectBSseq(BStmp, seqnames = "chr1", order = TRUE) ################################################### ### code chunk number 11: data-combine ################################################### BStmp2 <- combine(BStmp, BS.chr22[1:3,]) granges(BStmp2) getCoverage(BStmp2) ################################################### ### code chunk number 12: data-collapse ################################################### collapseBSseq(BStmp, columns = c("A", "A", "B")) ################################################### ### code chunk number 13: getCoverage1 ################################################### head(getCoverage(BS.chr22, type = "Cov"), n = 4) head(getCoverage(BS.chr22, type = "M"), n = 4) ################################################### ### code chunk number 14: regions ################################################### regions <- GRanges(seqnames = c("chr22", "chr22"), ranges = IRanges(start = 1.5 * 10^7 + c(0,200000), width = 1000)) getCoverage(BS.chr22, regions = regions, what = "perRegionTotal") ################################################### ### code chunk number 15: getCoverage2 ################################################### getCoverage(BS.chr22, regions = regions, what = "perBase") ################################################### ### code chunk number 16: getMeth ################################################### getMeth(BS.chr22, regions, type = "raw") getMeth(BS.chr22, regions[2], type = "raw", what = "perBase") ################################################### ### code chunk number 17: locateScript ################################################### system.file("scripts", "get_BS.chr22.R", package = "bsseq") ################################################### ### code chunk number 18: BSmooth ################################################### BS.chr22.1 <- BSmooth(BS.chr22[,"r1"], verbose = TRUE) BS.chr22.1 ################################################### ### code chunk number 19: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())