### R code from vignette source 'GraphAlignment.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: GraphAlignment.Rnw:350-352 (eval = FALSE) ################################################### ## vignette(all=FALSE) ## edit(vignette("GraphAlignment")) ################################################### ### code chunk number 2: GraphAlignment.Rnw:357-360 ################################################### options(width = 40) options(digits = 3); library(GraphAlignment) ################################################### ### code chunk number 3: GraphAlignment.Rnw:365-369 ################################################### library(GraphAlignment) ex<-GenerateExample(dimA=22, dimB=22, filling=.5, covariance=.6, symmetric=TRUE, numOrths=10, correlated=seq(1,18)) ################################################### ### code chunk number 4: GraphAlignment.Rnw:385-386 ################################################### pinitial<-InitialAlignment(psize=34, r=ex$r, mode="reciprocal") ################################################### ### code chunk number 5: GraphAlignment.Rnw:401-402 ################################################### lookupLink<-seq(-2,2,.5) ################################################### ### code chunk number 6: GraphAlignment.Rnw:407-408 ################################################### linkParams<-ComputeLinkParameters(ex$a, ex$b, pinitial, lookupLink) ################################################### ### code chunk number 7: GraphAlignment.Rnw:421-424 ################################################### lookupNode<-c(-.5,.5,1.5) nodeParams<-ComputeNodeParameters(dimA=22, dimB=22, ex$r, pinitial, lookupNode) ################################################### ### code chunk number 8: GraphAlignment.Rnw:429-436 ################################################### al<-AlignNetworks(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=pinitial, linkScore=linkParams$ls, selfLinkScore=linkParams$ls, nodeScore1=nodeParams$s1, nodeScore0=nodeParams$s0, lookupLink=lookupLink, lookupNode=lookupNode, bStart=.1, bEnd=30, maxNumSteps=50) ################################################### ### code chunk number 9: GraphAlignment.Rnw:448-454 ################################################### ComputeScores(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=al, linkScore=linkParams$ls, selfLinkScore=linkParams$ls, nodeScore1=nodeParams$s1, nodeScore0=nodeParams$s0, lookupLink=lookupLink, lookupNode=lookupNode, symmetric=TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: GraphAlignment.Rnw:459-461 ################################################### AnalyzeAlignment(A=ex$a, B=ex$b, R=ex$r, P=al, lookupNode, epsilon=.5) ################################################### ### code chunk number 11: GraphAlignment.Rnw:471-480 ################################################### ex<-GenerateExample(30, 30, filling=1, covariance=.95, numOrths=20, symmetric=FALSE) a=ex$a;b=ex$b a[a>.5]=1;a[a<=.5]=0 b[b>.5]=1;b[b<=.5]=0 pinitial<-InitialAlignment(psize=40, r=ex$r, mode="reciprocal") lookupLink<-c(-.5,.5,1.5) linkParams<-ComputeLinkParameters(a, b, pinitial, lookupLink, clamp=FALSE) ################################################### ### code chunk number 12: GraphAlignment.Rnw:490-500 ################################################### lookupNode<-c(-.5,.5,1.5) nsS0<-c(.025,-.025) nsS1<-c(-.025,4) al<-AlignNetworks(A=a, B=b, R=ex$r, P=pinitial, linkScore=linkParams$ls, selfLinkScore=linkParams$lsSelf, nodeScore1=nsS1, nodeScore0=nsS0, lookupLink=lookupLink, lookupNode=lookupNode, bStart=.1, bEnd=100, maxNumSteps=500, clamp=FALSE, directed=TRUE) ################################################### ### code chunk number 13: GraphAlignment.Rnw:553-556 ################################################### A <- matrix(c(0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 1), ncol = 4); B <- matrix(c(0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1), ncol = 4); R <- matrix(c(1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), ncol = 4); ################################################### ### code chunk number 14: GraphAlignment.Rnw:561-563 ################################################### p0 <- c(1,3,4,5,2); psize <- 5; ################################################### ### code chunk number 15: GraphAlignment.Rnw:568-569 ################################################### AlignedPairs(A, B, p0); ################################################### ### code chunk number 16: GraphAlignment.Rnw:576-577 ################################################### lookupLink <- c(-0.5, 0.5, 1.5); ################################################### ### code chunk number 17: GraphAlignment.Rnw:582-583 ################################################### lookupNode <- c(-0.5, 0.5, 1.5); ################################################### ### code chunk number 18: GraphAlignment.Rnw:593-595 ################################################### linkParams; nodeParams; ################################################### ### code chunk number 19: GraphAlignment.Rnw:600-601 ################################################### al <- AlignNetworks(A, B, R, p0, linkParams$ls, linkParams$lsSelf, nodeParams$s1, nodeParams$s0, lookupLink, lookupNode, bStart = 0.001, bEnd = 1000, maxNumSteps = 100, clamp = TRUE); ################################################### ### code chunk number 20: GraphAlignment.Rnw:606-608 ################################################### linkParams <- ComputeLinkParameters(A, B, al, lookupLink); nodeParams <- ComputeNodeParameters(dim(A)[1], dim(B)[1], R, al, lookupNode); ################################################### ### code chunk number 21: GraphAlignment.Rnw:613-614 ################################################### al == AlignNetworks(A, B, R, al, linkParams$ls, linkParams$lsSelf, nodeParams$s1, nodeParams$s0, lookupLink, lookupNode, bStart = 0.001, bEnd = 1000, maxNumSteps = 100, clamp = TRUE); ################################################### ### code chunk number 22: GraphAlignment.Rnw:619-621 ################################################### al; AlignedPairs(A, B, al); ################################################### ### code chunk number 23: GraphAlignment.Rnw:628-629 ################################################### ComputeScores(A, B, R, al, linkParams$ls, linkParams$lsSelf, nodeParams$s1, nodeParams$s0, lookupLink, lookupNode, symmetric = TRUE, clamp = TRUE);