### R code from vignette source 'DiffBind.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() savewd = getwd() ################################################### ### code chunk number 2: DiffBind.Rnw:95-99 ################################################### tmp = tempfile(as.character(Sys.getpid())) pdf(tmp) savewarn = options("warn") options(warn=-1) ################################################### ### code chunk number 3: DiffBind.Rnw:103-105 ################################################### library(DiffBind) setwd(system.file("extra", package="DiffBind")) ################################################### ### code chunk number 4: DiffBind.Rnw:110-116 (eval = FALSE) ################################################### ## print(savewd) ## tamoxifen = dba(sampleSheet="tamoxifen.csv") ## tamoxifen = dba.count(tamoxifen) ## tamoxifen = dba.contrast(tamoxifen, categories=DBA_CONDITION) ## tamoxifen = dba.analyze(tamoxifen) ## tamoxifen.DB = dba.report(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 5: sampSheet ################################################### samples = read.csv(file.path(system.file("extra", package="DiffBind"), "tamoxifen.csv")) samples ################################################### ### code chunk number 6: dbaContruct ################################################### tamoxifen = dba(sampleSheet="tamoxifen.csv") ################################################### ### code chunk number 7: DiffBind.Rnw:140-141 ################################################### tamoxifen ################################################### ### code chunk number 8: tamox_occ_corhm ################################################### plot(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 9: DiffBind.Rnw:164-165 (eval = FALSE) ################################################### ## tamoxifen = dba.count(tamoxifen, minOverlap=3) ################################################### ### code chunk number 10: DiffBind.Rnw:168-169 ################################################### data(tamoxifen_counts) ################################################### ### code chunk number 11: tamox_aff_corhm ################################################### plot(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 12: DiffBind.Rnw:183-184 ################################################### tamoxifen = dba.contrast(tamoxifen, categories=DBA_CONDITION) ################################################### ### code chunk number 13: tamox_sdb_corhm ################################################### tamoxifen = dba.analyze(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 14: DiffBind.Rnw:205-206 ################################################### tamoxifen ################################################### ### code chunk number 15: DiffBind.Rnw:219-220 ################################################### tamoxifen.DB = dba.report(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 16: DiffBind.Rnw:225-226 ################################################### tamoxifen.DB ################################################### ### code chunk number 17: tamox_sdb_ma ################################################### data(tamoxifen_analysis) dba.plotMA(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 18: tamox_aff_pca ################################################### dba.plotPCA(tamoxifen,DBA_TISSUE,label=DBA_CONDITION) ################################################### ### code chunk number 19: tamox_sdb_pca ################################################### dba.plotPCA(tamoxifen, contrast=1,th=.05,label=DBA_TISSUE) ################################################### ### code chunk number 20: DiffBind.Rnw:293-295 ################################################### sum(tamoxifen.DB$Fold<0) sum(tamoxifen.DB$Fold>0) ################################################### ### code chunk number 21: tamox_sdb_box ################################################### pvals = dba.plotBox(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 22: DiffBind.Rnw:311-312 ################################################### pvals ################################################### ### code chunk number 23: DiffBind.Rnw:322-323 ################################################### corvals = dba.plotHeatmap(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 24: tamox_sdb_hm ################################################### corvals = dba.plotHeatmap(tamoxifen, contrast=1, correlations=FALSE) ################################################### ### code chunk number 25: DiffBind.Rnw:346-349 ################################################### data(tamoxifen_counts) tamoxifen = dba.contrast(tamoxifen,categories=DBA_CONDITION, block=tamoxifen$masks$MCF7) ################################################### ### code chunk number 26: DiffBind.Rnw:354-356 ################################################### tamoxifen = dba.analyze(tamoxifen) tamoxifen ################################################### ### code chunk number 27: tamox_block_ma ################################################### dba.plotMA(tamoxifen,method=DBA_EDGER_BLOCK) ################################################### ### code chunk number 28: tamox_block_corhm ################################################### dba.plotHeatmap(tamoxifen,contrast=1,method=DBA_EDGER_BLOCK, attributes=c(DBA_TISSUE,DBA_CONDITION,DBA_REPLICATE)) ################################################### ### code chunk number 29: tamox_block_pca ################################################### dba.plotPCA(tamoxifen,contrast=1,method=DBA_EDGER_BLOCK, attributes=DBA_CONDITION,label=DBA_TISSUE) ################################################### ### code chunk number 30: DiffBind.Rnw:397-399 ################################################### tamoxifen = dba.analyze(tamoxifen,method=DBA_ALL_METHODS) tamoxifen ################################################### ### code chunk number 31: tamox_block_venn ################################################### tam.block = dba.report(tamoxifen,method=DBA_ALL_BLOCK,bDB=TRUE,bAll=TRUE) tam.block dba.plotVenn(tam.block,1:3,label1="edgeR",label2="DESeq",label3="DESeq2") ################################################### ### code chunk number 32: DiffBind.Rnw:425-426 ################################################### data(tamoxifen_peaks) ################################################### ### code chunk number 33: DiffBind.Rnw:442-444 ################################################### olap.rate = dba.overlap(tamoxifen,mode=DBA_OLAP_RATE) olap.rate ################################################### ### code chunk number 34: tamox_rate ################################################### plot(olap.rate,type='b',ylab='# peaks', xlab='Overlap at least this many peaksets') ################################################### ### code chunk number 35: DiffBind.Rnw:465-466 ################################################### names(tamoxifen$masks) ################################################### ### code chunk number 36: DiffBind.Rnw:471-473 ################################################### dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$MCF7 & tamoxifen$masks$Responsive, mode=DBA_OLAP_RATE) ################################################### ### code chunk number 37: tamox_mcf7_venn ################################################### dba.plotVenn(tamoxifen, tamoxifen$masks$MCF7 & tamoxifen$masks$Responsive) ################################################### ### code chunk number 38: DiffBind.Rnw:495-498 ################################################### tamoxifen = dba.peakset(tamoxifen, consensus = c(DBA_TISSUE,DBA_CONDITION), minOverlap=0.66) tamoxifen ################################################### ### code chunk number 39: DiffBind.Rnw:506-508 ################################################### tamoxifen_consensus = dba(tamoxifen, mask = tamoxifen$masks$Consensus) tamoxifen_consensus ################################################### ### code chunk number 40: tamox_lines_venn ################################################### data(tamoxifen_peaks) tamoxifen = dba.peakset(tamoxifen, consensus = DBA_TISSUE, minOverlap=0.66) dba.plotVenn(tamoxifen, tamoxifen$masks$Consensus) ################################################### ### code chunk number 41: DiffBind.Rnw:530-531 ################################################### data(tamoxifen_peaks) ################################################### ### code chunk number 42: DiffBind.Rnw:536-538 ################################################### dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$Resistant,mode=DBA_OLAP_RATE) dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$Responsive,mode=DBA_OLAP_RATE) ################################################### ### code chunk number 43: tamox_cons_venn ################################################### tamoxifen = dba.peakset(tamoxifen, consensus = DBA_CONDITION, minOverlap = 0.33) dba.plotVenn(tamoxifen,tamoxifen$masks$Consensus) ################################################### ### code chunk number 44: DiffBind.Rnw:567-568 ################################################### tamoxifen.OL = dba.overlap(tamoxifen, tamoxifen$masks$Consensus) ################################################### ### code chunk number 45: DiffBind.Rnw:573-575 ################################################### tamoxifen.OL$onlyA tamoxifen.OL$onlyB ################################################### ### code chunk number 46: tamox_compare_venn ################################################### tamoxifen = dba.peakset(tamoxifen,tamoxifen$masks$Consensus, minOverlap=1,sampID="OL Consensus") tamoxifen = dba.peakset(tamoxifen,!tamoxifen$masks$Consensus, minOverlap=3,sampID="Consensus_3") dba.plotVenn(tamoxifen,14:15) ################################################### ### code chunk number 47: DiffBind.Rnw:602-603 ################################################### data(tamoxifen_analysis) ################################################### ### code chunk number 48: DiffBind.Rnw:608-609 ################################################### tamoxifen.rep = dba.report(tamoxifen,bCalled=T,th=1) ################################################### ### code chunk number 49: DiffBind.Rnw:614-620 ################################################### onlyResistant = tamoxifen.rep$Called1>=2 & tamoxifen.rep$Called2<3 sum(onlyResistant ) onlyResponsive = tamoxifen.rep$Called2>=3 & tamoxifen.rep$Called1<2 sum(onlyResponsive) bothGroups = tamoxifen.rep$Called1>= 2 & tamoxifen.rep$Called2>=3 sum(bothGroups) ################################################### ### code chunk number 50: DiffBind.Rnw:632-639 ################################################### tamoxifen.DB = dba.report(tamoxifen,bCalled=T,th=.1) onlyResistant.DB = tamoxifen.DB$Called1>=2 & tamoxifen.DB$Called2<3 sum(onlyResistant.DB) onlyResponsive.DB = tamoxifen.DB$Called2>=3 & tamoxifen.DB$Called1<2 sum(onlyResponsive.DB) bothGroups.DB = tamoxifen.DB$Called1>=2 & tamoxifen.DB$Called2>=3 sum(bothGroups.DB) ################################################### ### code chunk number 51: DiffBind.Rnw:780-781 (eval = FALSE) ################################################### ## file.path(system.file("extra", package="DiffBind"),"tamoxifen_GEO.csv") ################################################### ### code chunk number 52: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo()) ################################################### ### code chunk number 53: DiffBind.Rnw:811-812 ################################################### setwd(savewd)