### R code from vignette source 'DEDS.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadaffy ################################################### library(DEDS) data(affySpikeIn) ################################################### ### code chunk number 2: showaffy ################################################### dim(affySpikeIn) affySpikeIn.L spikedgene ################################################### ### code chunk number 3: dedsaffy ################################################### deds.affy <- deds.stat.linkC(affySpikeIn, affySpikeIn.L, B=400, nsig=100) ################################################### ### code chunk number 4: showdedsaffy ################################################### topgenes(deds.affy, number=20, genelist=affySpikeIn.gnames) ################################################### ### code chunk number 5: pairsaffy (eval = FALSE) ################################################### ## pairs(deds.affy, subset=c(2:12626), thresh=0.01, legend=F) ################################################### ### code chunk number 6: qqaffy (eval = FALSE) ################################################### ## qqnorm(deds.affy, subset=c(2:12626), thresh=0.01) ################################################### ### code chunk number 7: loadApoA1 ################################################### data(ApoA1) ################################################### ### code chunk number 8: showApoA1 ################################################### dim(ApoA1) ApoA1.L ################################################### ### code chunk number 9: dedsApoA1 ################################################### deds.ApoA1 <- deds.stat.linkC(ApoA1, ApoA1.L, B=400, adj="adjp" ) ################################################### ### code chunk number 10: DEDS.rnw:263-265 ################################################### sum(deds.ApoA1$p<=0.01) sum(deds.ApoA1$p<=0.05) ################################################### ### code chunk number 11: showdedsApoA1 ################################################### topgenes(deds.ApoA1, number=9) ################################################### ### code chunk number 12: pairsApoA1 ################################################### pairs(deds.ApoA1, legend=F) ################################################### ### code chunk number 13: tstat (eval = FALSE) ################################################### ## t <- comp.t(L=affySpikeIn.L) ## t.affy <- t(affySpikeIn) ################################################### ### code chunk number 14: tstat2 (eval = FALSE) ################################################### ## t.affy <- comp.stat(affySpikeIn, affySpikeIn.L, test='t')