### R code from vignette source 'Cardinal-development.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Cardinal-development.Rnw:10-11 ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: Cardinal-development.Rnw:27-31 ################################################### library(Cardinal) options(Cardinal.verbose=FALSE) options(Cardinal.progress=FALSE) options(width=100) ################################################### ### code chunk number 3: Cardinal-development.Rnw:69-70 ################################################### getClass("iSet") ################################################### ### code chunk number 4: Cardinal-development.Rnw:91-92 ################################################### getClass("SImageSet") ################################################### ### code chunk number 5: Cardinal-development.Rnw:99-100 ################################################### getClass("MSImageSet") ################################################### ### code chunk number 6: Cardinal-development.Rnw:116-117 ################################################### getClass("ImageData") ################################################### ### code chunk number 7: Cardinal-development.Rnw:138-139 ################################################### getClass("SImageData") ################################################### ### code chunk number 8: Cardinal-development.Rnw:163-164 ################################################### getClass("MSImageData") ################################################### ### code chunk number 9: Cardinal-development.Rnw:174-175 ################################################### getClass("Hashmat") ################################################### ### code chunk number 10: Cardinal-development.Rnw:204-205 ################################################### getClass("IAnnotatedDataFrame") ################################################### ### code chunk number 11: Cardinal-development.Rnw:218-219 ################################################### getClass("MIAPE-Imaging") ################################################### ### code chunk number 12: Cardinal-development.Rnw:228-229 ################################################### getClass("MSImageProcess") ################################################### ### code chunk number 13: Cardinal-development.Rnw:238-239 ################################################### getClass("ResultSet") ################################################### ### code chunk number 14: Cardinal-development.Rnw:267-269 ################################################### selectMethod("plot", c("PCA", "missing")) selectMethod("image", "PCA") ################################################### ### code chunk number 15: Cardinal-development.Rnw:294-295 ################################################### options(Cardinal.timing=TRUE) ################################################### ### code chunk number 16: Cardinal-development.Rnw:306-307 ################################################### toLatex(sessionInfo())