### R code from vignette source 'CGHnormaliter.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: CGHnormaliterPackage ################################################### options(keep.source=TRUE) CGHnormaliterPackage <- packageDescription("CGHnormaliter") ################################################### ### code chunk number 2: loadData ################################################### library(CGHnormaliter) data(Leukemia) ################################################### ### code chunk number 3: runCGHnormaliter ################################################### result <- CGHnormaliter(Leukemia, nchrom=4, cellularity=0.9) ################################################### ### code chunk number 4: accessResults ################################################### normalized.data <- copynumber(result) # log2 ratios segmented.data <- segmented(result) called.data <- calls(result) ################################################### ### code chunk number 5: densityPlotCommand ################################################### plot(density(normalized.data[, 2]), col=1, xlab="log2 ratio", main="Density plot") abline(v=0, lty=2) ################################################### ### code chunk number 6: densityPlotFigure ################################################### plot(density(normalized.data[, 2]), col=1, xlab="log2 ratio", main="Density plot") abline(v=0, lty=2) ################################################### ### code chunk number 7: callPlotCommand ################################################### plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1) ################################################### ### code chunk number 8: callPlotFigure ################################################### plot(result[,2], ylimit=c(-2,2), dotres=1) ################################################### ### code chunk number 9: saveNormalizedData ################################################### CGHnormaliter.write.table(result) ################################################### ### code chunk number 10: saveOtherData ################################################### CGHnormaliter.write.table(result, data.type="segmented") CGHnormaliter.write.table(result, data.type="called")