### R code from vignette source 'BEclear.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BEclear.Rnw:5-6 ################################################### options(width=65) ################################################### ### code chunk number 2: BEclear.Rnw:43-49 ################################################### library(BEclear) data(BEclearData) ex.data[1:10,1:5] ex.samples[1:10,] ################################################### ### code chunk number 3: BEclear.Rnw:70-72 ################################################### pvals <- calcPvalues(ex.data, ex.samples, parallel=TRUE, cores=4, adjusted=TRUE, method="fdr") ################################################### ### code chunk number 4: BEclear.Rnw:76-77 ################################################### pvals[210:220,5:8] ################################################### ### code chunk number 5: BEclear.Rnw:96-100 ################################################### mdifs <- calcMedians(ex.data, ex.samples, parallel=TRUE, cores=4) mdifs[210:220,5:8] ################################################### ### code chunk number 6: BEclear.Rnw:109-110 ################################################### summary <- calcSummary(medians=mdifs, pvalues=pvals) ################################################### ### code chunk number 7: BEclear.Rnw:116-117 ################################################### summary[1:10,] ################################################### ### code chunk number 8: BEclear.Rnw:125-126 ################################################### summary[summary$batch != "b136",] ################################################### ### code chunk number 9: BEclear.Rnw:135-138 ################################################### score <- calcScore(ex.data, ex.samples, summary, dir=getwd()) score ################################################### ### code chunk number 10: BEclear.Rnw:152-155 ################################################### makeBoxplot(ex.data, ex.samples, score, bySamples=TRUE, col="standard", main="Example data", xlab="Batch", ylab="Beta value", scoreCol=TRUE) ################################################### ### code chunk number 11: BEclear.Rnw:167-168 ################################################### cleared.data <- clearBEgenes(ex.data, ex.samples, summary) ################################################### ### code chunk number 12: BEclear.Rnw:175-176 ################################################### counted <- countValuesToPredict(cleared.data) ################################################### ### code chunk number 13: BEclear.Rnw:186-189 (eval = FALSE) ################################################### ## corrected.data <- BEclear(cleared.data, parallel=TRUE, ## cores=4, rowBlockSize=60, colBlockSize=60, ## epochs=50, outputFormat="RData", dir=getwd()) ################################################### ### code chunk number 14: BEclear.Rnw:194-197 (eval = FALSE) ################################################### ## makeBoxplot(corrected.data, ex.samples, score, bySamples=TRUE, ## col="standard", main="Corrected example data", ## xlab="Batch", ylab="Beta value", scoreCol=FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: BEclear.Rnw:217-221 (eval = FALSE) ################################################### ## result <- correctBatchEffect(ex.data, ex.samples, ## parallel=TRUE, cores=4, adjusted=TRUE, ## method="fdr", rowBlockSize=60, colBlockSize=60, ## epochs=50, outputFormat="RData", dir=getwd())