### R code from vignette source 'vignettes/twilight/inst/doc/tr_2004_01.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: tr_2004_01.Rnw:46-48 (eval = FALSE) ################################################### ## q(save="no") ## ################################################### ### code chunk number 2: tr_2004_01.Rnw:49-56 ################################################### library(splines) library(stats) library(golubEsets) library(vsn) oldopt <- options(digits=3) on.exit( {options(oldopt)} ) options(width=75) ################################################### ### code chunk number 3: tr_2004_01.Rnw:111-114 ################################################### data(Golub_Train) golubNorm <- justvsn(Golub_Train) id <- as.numeric(Golub_Train$ALL.AML) #$ ################################################### ### code chunk number 4: tr_2004_01.Rnw:118-120 ################################################### Golub_Train$ALL.AML #$ id 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hist(b$result$pvalue,col="gray",br=20,main="",xlab="P-value") dev.off() ################################################### ### code chunk number 18: tr_2004_01.Rnw:324-327 ################################################### data(exfdr) exfdr ################################################### ### code chunk number 19: tr_2004_01.Rnw:328-329 ################################################### exfdr$result[1:5,6:9] #$ ################################################### ### code chunk number 20: tr_2004_01.Rnw:334-343 ################################################### bitmap(file="tr_2004_01-fdr.png",width=6,height=4.5,pointsize=10) plot(exfdr,which="fdr",grayscale=F,legend=T) dev.off() bitmap(file="tr_2004_01-volcano.png",width=6,height=4.5,pointsize=10) plot(exfdr,which="volcano") dev.off() bitmap(file="tr_2004_01-effectsize.png",width=6,height=4.5,pointsize=10) plot(exfdr,which="effectsize",legend=T) dev.off() ################################################### ### code chunk number 21: tr_2004_01.Rnw:367-369 ################################################### tab <- plot(exfdr,which="table") tab[1:8,] ################################################### ### code chunk number 22: tr_2004_01.Rnw:394-396 ################################################### x <- c(rep(0,2),rep(1,3)) x ################################################### ### code chunk number 23: tr_2004_01.Rnw:399-400 ################################################### twilight.combi(x,pin=FALSE,bin=FALSE) ################################################### ### code chunk number 24: tr_2004_01.Rnw:407-408 ################################################### twilight.combi(x,pin=FALSE,bin=TRUE) ################################################### ### code chunk number 25: tr_2004_01.Rnw:416-418 ################################################### y <- c(rep(0,4),rep(1,4)) y ################################################### ### code chunk number 26: tr_2004_01.Rnw:421-422 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