### R code from vignette source 'vignettes/pdmclass/inst/doc/pdmclass.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: pdmclass.Rnw:76-80 ################################################### library("pdmclass") data("fibroEset") fibroEset pData(fibroEset) ################################################### ### code chunk number 2: pdmclass.Rnw:90-93 ################################################### y <- as.factor(pData(fibroEset)[,2]) x <- t(exprs(fibroEset)) gn.class <- pdmClass(y ~ x, method = "pls") ################################################### ### code chunk number 3: pdmclass.Rnw:99-100 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(gn.class, pch = levels(y)) ################################################### ### code chunk number 4: pdmclass.Rnw:105-106 ################################################### plot(gn.class, pch = levels(y)) ################################################### ### code chunk number 5: pdmclass.Rnw:121-122 ################################################### predict(gn.class) ################################################### ### code chunk number 6: pdmclass.Rnw:140-142 ################################################### tst <- pdmClass.cv(y, x, method = "pls") confusion(tst, y) ################################################### ### code chunk number 7: pdmclass.Rnw:153-157 ################################################### gns <- featureNames(fibroEset) len <- 10 tmp <- pdmGenes(y~x, genelist = gns, list.length = len, B=10) tmp