### R code from vignette source 'vignettes/pathRender/inst/doc/plotExG.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lkmapk ################################################### library(graph) library(pathRender) library(Rgraphviz) data(pancrCaIni) plot(pancrCaIni, nodeAttrs=pwayRendAttrs(pancrCaIni)) ################################################### ### code chunk number 2: doall ################################################### library(ALL) if (!exists("ALL")) data(ALL) ################################################### ### code chunk number 3: doredu ################################################### if ("package:hgu95av2" %in% search()) detach("package:hgu95av2") library(hgu95av2.db) red1 = reduceES( ALL, nodes(pancrCaIni), revmap(hgu95av2SYMBOL), "symbol" ) red1 pData(featureData(red1)) ################################################### ### code chunk number 4: dored2 ################################################### collap1 = reduceES( ALL, nodes(pancrCaIni), revmap(hgu95av2SYMBOL), "symbol", mean ) collap1 ################################################### ### code chunk number 5: dothp ################################################### library(RColorBrewer) plotExGraph(pancrCaIni, collap1, 1)