### R code from vignette source 'vignettes/nondetects/inst/doc/nondetects.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: nondetects.Rnw:84-87 ################################################### library(HTqPCR) library(nondetects) data(oncogene2013) ################################################### ### code chunk number 2: nondetects.Rnw:92-94 ################################################### normCt <- normalizeCtData(oncogene2013, norm = "deltaCt", deltaCt.genes = "Becn1") ################################################### ### code chunk number 3: nondetects.Rnw:98-106 ################################################### conds <- paste(pData(normCt)$sampleType,pData(normCt)$treatment,sep=":") resids <- matrix(nrow=nrow(normCt), ncol=ncol(normCt)) for(i in 1:nrow(normCt)){ for(j in 1:ncol(normCt)){ ind <- which(conds==conds[j]) resids[i,j] <- exprs(normCt)[i,j]-mean(exprs(normCt)[i,ind]) } } ################################################### ### code chunk number 4: nondetects.Rnw:110-113 ################################################### iND <- which(featureCategory(normCt)=="Undetermined", arr.ind=TRUE) iD <- which(featureCategory(normCt)!="Undetermined", arr.ind=TRUE) boxes <- list("observed"=-resids[iD], "non-detect"=-resids[iND]) ################################################### ### code chunk number 5: nondetects.Rnw:115-117 ################################################### boxplot(boxes, main="",ylim=c(-12,12), ylab=expression(paste("-",Delta,"Ct residuals",sep=""))) ################################################### ### code chunk number 6: nondetects.Rnw:121-123 ################################################### oncogene2013 <- qpcrImpute(oncogene2013, groupVars=c("sampleType","treatment")) ################################################### ### code chunk number 7: nondetects.Rnw:128-130 ################################################### normCt <- normalizeCtData(oncogene2013, norm = "deltaCt", deltaCt.genes = "Becn1") ################################################### ### code chunk number 8: nondetects.Rnw:134-135 ################################################### normCt <- normCt[-which(featureNames(normCt)=="Becn1"),] ################################################### ### code chunk number 9: nondetects.Rnw:139-148 ################################################### conds <- paste(pData(normCt)$sampleType, pData(normCt)$treatment,sep=":") resids <- matrix(nrow=nrow(normCt), ncol=ncol(normCt)) for(i in 1:nrow(normCt)){ for(j in 1:ncol(normCt)){ ind <- which(conds==conds[j]) resids[i,j] <- exprs(normCt)[i,j]-mean(exprs(normCt)[i,ind]) } } ################################################### ### code chunk number 10: nondetects.Rnw:152-155 ################################################### iI <- which(featureCategory(normCt)=="Imputed", arr.ind=TRUE) iD <- which(featureCategory(normCt)!="Imputed", arr.ind=TRUE) boxes <- list("observed"=-resids[iD], "imputed"=-resids[iI]) ################################################### ### code chunk number 11: nondetects.Rnw:157-159 ################################################### boxplot(boxes, main="",ylim=c(-12,12), ylab=expression(paste("-",Delta,"Ct residuals",sep=""))) ################################################### ### code chunk number 12: nondetects.Rnw:175-177 ################################################### library(nondetects) data(sagmb2011) ################################################### ### code chunk number 13: nondetects.Rnw:188-190 ################################################### library(nondetects) data(nature2008) ################################################### ### code chunk number 14: nondetects.Rnw:199-200 ################################################### sessionInfo()