### R code from vignette source 'vignettes/methylumi/inst/doc/methylumi.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: init ################################################### options(width=50) library(knitr) library(lattice) library(xtable) ################################################### ### code chunk number 2: methylumi.Rnw:49-55 ################################################### suppressPackageStartupMessages(library(methylumi,quietly=TRUE)) samps <- read.table(system.file("extdata/samples.txt", package = "methylumi"),sep="\t",header=TRUE) mldat <- methylumiR(system.file('extdata/exampledata.samples.txt',package='methylumi'), qcfile=system.file('extdata/exampledata.controls.txt',package="methylumi"), sampleDescriptions=samps) ################################################### ### code chunk number 3: methylumi.Rnw:59-60 ################################################### mldat ################################################### ### code chunk number 4: methylumi.Rnw:67-68 ################################################### getAssayDataNameSubstitutions() ################################################### ### code chunk number 5: methylumi.Rnw:75-76 ################################################### md <- cmdscale(dist(t(exprs(mldat)[fData(mldat)$CHROMOSOME=='X',])),2) ################################################### ### code chunk number 6: methylumi.Rnw:79-80 ################################################### plot(md,pch=c('F','M')[pData(mldat)$Gender],col=c('red','blue')[pData(mldat)$Gender]) ################################################### ### code chunk number 7: methylumi.Rnw:85-88 ################################################### avgPval <- colMeans(pvals(mldat)) par(las=2) barplot(avgPval,ylab="Average P-Value") ################################################### ### code chunk number 8: methylumi.Rnw:95-96 ################################################### controlTypes(mldat) ################################################### ### code chunk number 9: methylumi.Rnw:101-102 ################################################### qcplot(mldat,"FIRST HYBRIDIZATION") ################################################### ### code chunk number 10: methylumi.Rnw:113-116 ################################################### toKeep <- (avgPval<0.05) pData(mldat)$Gender[9] <- "F" mldat.norm <- normalizeMethyLumiSet(mldat[,toKeep]) ################################################### ### code chunk number 11: methylumi.Rnw:123-131 ################################################### library(limma) dm <- model.matrix(~1+Gender,data=pData(mldat.norm)) colnames(dm) fit1 <- lmFit(exprs(mldat.norm),dm) fit2 <- eBayes(fit1) tt <- topTable(fit2,coef=2,genelist=fData(mldat.norm)[,c('SYMBOL','CHROMOSOME')],number=1536) x <- aggregate(tt$adj.P.Val,by=list(tt$CHROMOSOME),median) colnames(x) <- c('Chromosome','Median adjusted P-value')