### R code from vignette source 'vignettes/geneplotter/inst/doc/visualize.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: getl ################################################### library(geneplotter) ################################################### ### code chunk number 2: start ################################################### data(sample.ExpressionSet) eset = sample.ExpressionSet # legacy naming mytt <- function(y, cov2) { ys <- split( y, cov2 ) t.test( ys[[1]], ys[[2]] ) } ttout <- esApply(eset, 1, mytt, eset$type) s1means <- sapply(ttout, function(x) x$estimate[1]) s2means <- sapply(ttout, function(x) x$estimate[2]) deciles <- quantile(c(s1means, s2means), probs=seq(0,1,.1)) s1class <- cut(s1means, deciles) names(s1class) <- names(s1means) s2class <- cut(s2means, deciles) names(s2class) <- names(s2means) ################################################### ### code chunk number 3: f11 ################################################### cols <- dChip.colors(10) def.par <- par(no.readonly = TRUE)# save default, for resetting... nf <- layout(matrix(1:3,nr=1), widths=c(5,5,2)) chrObj <- buildChromLocation("hgu95av2") cPlot(chrObj) cColor(featureNames(eset), cols[s1class], chrObj) cPlot(chrObj) cColor(featureNames(eset), cols[s2class], chrObj) image(1,1:10,matrix(1:10,nc=10),col=cols, axes=FALSE, xlab="", ylab="") axis(2, at=(1:10), labels=levels(s1class), las=1) par(def.par) ################################################### ### code chunk number 4: f22 ################################################### par(mfrow=c(1,1)) mycols <- c("red", "darkgreen", "blue")[eset$cov3] alongChrom(eset, "1", chrObj, plotFormat="cumulative", col=mycols)