### R code from vignette source 'vignettes/RpsiXML/inst/doc/RpsiXML.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadlibs ################################################### library(RpsiXML) ################################################### ### code chunk number 2: sampleFiles ################################################### xmlDir <- system.file("/extdata/psi25files",package="RpsiXML") gridxml <- file.path(xmlDir, "biogrid_200804_test.xml") ################################################### ### code chunk number 3: intactInteractionEX ################################################### intactxml <- file.path(xmlDir, "intact_2008_test.xml") intactComplexxml <- file.path(xmlDir,"intact_complexSample.xml") ################################################### ### code chunk number 4: parseInteraction ################################################### intactSample <- parsePsimi25Interaction(intactxml, INTACT.PSIMI25,verbose=FALSE) intactComplexSample <- parsePsimi25Complex(intactComplexxml, INTACT.PSIMI25,verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: interactionInfo1 ################################################### interact <- interactions(intactSample)[1:3] interact organismName(intactSample)[1:3] releaseDate(intactSample) ################################################### ### code chunk number 6: interactionInfo2 ################################################### lapply(interact, participant)[1:3] sapply(interact, bait)[1:3] sapply(interact, prey)[1:3] sapply(interact, pubmedID)[1:3] ################################################### ### code chunk number 7: interactionInfo1 ################################################### comp <- complexes(intactComplexSample)[1:2] sapply(comp, complexName) ################################################### ### code chunk number 8: intactGraph ################################################### intactGraph <- psimi25XML2Graph(intactxml, INTACT.PSIMI25, type="interaction",verbose=FALSE) nodes(intactGraph) degree(intactGraph) ################################################### ### code chunk number 9: intactHyperGraph ################################################### intactHG <- psimi25XML2Graph(intactxml, INTACT.PSIMI25, type="complex",verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: separateXML ################################################### graphs <- separateXMLDataByExpt(xmlFiles = intactxml, psimi25source=INTACT.PSIMI25, type="indirect", directed=TRUE, abstract=TRUE, verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 11: showGraph ################################################### graphs abstract(graphs$`18296487`) ################################################### ### code chunk number 12: abst ################################################### getAbstractByPMID(names(graphs)) ################################################### ### code chunk number 13: translate ################################################### graphs1 <- translateID(graphs[[1]], to="intact") nodes(graphs1)