### R code from vignette source 'vignettes/PING/inst/doc/PING-PE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: PING-PE.Rnw:26-27 ################################################### options(continue=" ") ################################################### ### code chunk number 2: Loading-PING ################################################### library(PING) ################################################### ### code chunk number 3: Read-data ################################################### yeastBam<- system.file("extdata/yeastChrI.bam",package="PING") ################################################### ### code chunk number 4: bam2gr ################################################### library(PICS) gr<-bam2gr(bamFile=yeastBam, PE=TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: subset-GR ################################################### grI<-gr[seqnames(gr)=="chrI"] seqlevels(grI)<-"chrI" ################################################### ### code chunk number 6: Genome-segmentation ################################################### segPE<-segmentPING(grI, PE=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: Cluster-initialization ################################################### library(parallel) ################################################### ### code chunk number 8: PING-analysis ################################################### ping<-PING(segPE, nCores=2) ################################################### ### code chunk number 9: Post-process-PING-result ################################################### PS=postPING(ping, segPE) ################################################### ### code chunk number 10: makeRangedDataOutput (eval = FALSE) ################################################### ## rdBed<-makeRangedDataOutput(PS, type="bed") ## library(rtracklayer) ## export(rdBed, "nucPrediction.bed") ################################################### ### code chunk number 11: plotSummary-PE ################################################### plotSummary(PS, ping, grI, chr="chrI", from=149000, to=153000)