### R code from vignette source 'vignettes/CNORode/inst/doc/CNORode-vignette.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: preliminaries ################################################### options(width=70, useFancyQuotes="UTF-8", prompt=" ", continue=" ") ################################################### ### code chunk number 2: installCNOR (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("CNORode") ################################################### ### code chunk number 3: installMEIGOR (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("MEIGOR_0.99.3_svn2444.tar.gz",type="source") ################################################### ### code chunk number 4: installCNORode2 ################################################### library(CNORode) ################################################### ### code chunk number 5: quickstart ################################################### library(CNORode) model=readSIF(system.file("doc", "ToyModelMMB_FeedbackAnd.sif", package="CNORode")); cno_data=readMIDAS(system.file("doc", "ToyModelMMB_FeedbackAnd.csv", package="CNORode")); cnolist=makeCNOlist(cno_data,subfield=FALSE); ################################################### ### code chunk number 6: CNORode-vignette.Rnw:196-200 ################################################### ode_parameters=createLBodeContPars(model, LB_n = 1, LB_k = 0.1, LB_tau = 0.01, UB_n = 5, UB_k = 0.9, UB_tau = 10, default_n = 3, default_k = 0.5, default_tau = 1, opt_n = TRUE, opt_k = TRUE, opt_tau = TRUE, random = FALSE) ################################################### ### code chunk number 7: CNORode-vignette.Rnw:209-210 ################################################### print(ode_parameters) ################################################### ### code chunk number 8: plotModelSim ################################################### modelSim=plotLBodeModelSim(cnolist, model, ode_parameters, timeSignals=seq(0,2,0.5)); ################################################### ### code chunk number 9: CNORode-vignette.Rnw:247-261 ################################################### initial_pars=createLBodeContPars(model, LB_n = 1, LB_k = 0.1, LB_tau = 0.01, UB_n = 5, UB_k = 0.9, UB_tau = 10, random = TRUE) #Visualize initial solution simulatedData=plotLBodeFitness(cnolist, model,initial_pars) paramsGA = defaultParametersGA() paramsGA$maxStepSize = 1 paramsGA$popSize = 50 paramsGA$iter = 100 paramsGA$transfer_function = 2 opt_pars=parEstimationLBode(cnolist,model,ode_parameters=initial_pars, paramsGA=paramsGA) #Visualize fitted solution simulatedData=plotLBodeFitness(cnolist, model,ode_parameters=opt_pars) ################################################### ### code chunk number 10: plotInit ################################################### simulatedData=plotLBodeFitness(cnolist, model,initial_pars) ################################################### ### code chunk number 11: plotFinalFit_fit ################################################### simulatedData=plotLBodeFitness(cnolist, model,ode_parameters=opt_pars) ################################################### ### code chunk number 12: CNORode-vignette.Rnw:298-313 (eval = FALSE) ################################################### ## library(MEIGOR) ## f_hepato<-getLBodeContObjFunction(cnolist, model, initial_pars, indices=NULL, ## time = 1, verbose = 0, transfer_function = 2, reltol = 1e-05, atol = 1e-03, ## maxStepSize = Inf, maxNumSteps = 1e4, maxErrTestsFails = 50, nan_fac = 1) ## n_pars=length(initial_pars$LB); ## ## problem<-list(f=f_hepato, x_L=initial_pars$LB[initial_pars$index_opt_pars], ## x_U=initial_pars$UB[initial_pars$index_opt_pars]); ## ## #Source a function containing the options used in the CeSSR publication ## source(system.file("benchmarks","get_paper_settings.R",package="MEIGOR")) ## #Set max time as 20 seconds per iteration ## opts<-get_paper_settings(20); ## Results<-CeSSR(problem,opts,Inf,Inf,3,TRUE,global_save_list=c('cnolist','model', ## 'initial_pars'))