### R code from vignette source 'vignettes/AnnotationHub/inst/doc/AnnotationHub.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadPkg ################################################### library(AnnotationHub) ################################################### ### code chunk number 2: makeObject ################################################### ah = AnnotationHub() ################################################### ### code chunk number 3: download1 ################################################### path <- "ah$goldenpath.hg19.encodeDCC.wgEncodeUwTfbs.wgEncodeUwTfbsMcf7CtcfStdPkRep1.narrowPeak_0.0.1.RData" ################################################### ### code chunk number 4: download2 ################################################### res <- ah$goldenpath.hg19.encodeDCC.wgEncodeUwTfbs.wgEncodeUwTfbsMcf7CtcfStdPkRep1.narrowPeak_0.0.1.RData ################################################### ### code chunk number 5: show ################################################### ah ################################################### ### code chunk number 6: snapshot ################################################### snapshotVersion(ah) snapshotDate(ah) ################################################### ### code chunk number 7: possibleDates ################################################### pd <- possibleDates(ah) pd ################################################### ### code chunk number 8: setdate (eval = FALSE) ################################################### ## snapshotDate(ah) <- pd[1] ################################################### ### code chunk number 9: length ################################################### length(ah) ################################################### ### code chunk number 10: listResources ################################################### names <- head(names(ah),n=1) ################################################### ### code chunk number 11: namesShow1 (eval = FALSE) ################################################### ## names ################################################### ### code chunk number 12: listResources2 ################################################### urls <- head(snapshotUrls(ah),n=1) ################################################### ### code chunk number 13: urlsShow1 (eval = FALSE) ################################################### ## urls ################################################### ### code chunk number 14: baseFilters ################################################### filters(ah) ################################################### ### code chunk number 15: columnsAndKeytypes ################################################### columns(ah) keytypes(ah) ################################################### ### code chunk number 16: keys ################################################### head(keys(ah, keytype="Species")) ################################################### ### code chunk number 17: filtersSet ################################################### filters(ah) <- list(Species="Homo sapiens") ################################################### ### code chunk number 18: listResources3 ################################################### length(ah) names <- head(names(ah),n=1) ################################################### ### code chunk number 19: namesShow2 (eval = FALSE) ################################################### ## names ################################################### ### code chunk number 20: listResources4 ################################################### urls <- head(snapshotUrls(ah),n=1) ################################################### ### code chunk number 21: urlsShow2 (eval = FALSE) ################################################### ## urls ################################################### ### code chunk number 22: displayfunc (eval = FALSE) ################################################### ## d <- display(ah) ################################################### ### code chunk number 23: download3 ################################################### path <- "ah$goldenpath.hg19.encodeDCC.wgEncodeUwTfbs.wgEncodeUwTfbsMcf7CtcfStdPkRep1.narrowPeak_0.0.1.RData" ################################################### ### code chunk number 24: download4 ################################################### res <- ah$goldenpath.hg19.encodeDCC.wgEncodeUwTfbs.wgEncodeUwTfbsMcf7CtcfStdPkRep1.narrowPeak_0.0.1.RData ################################################### ### code chunk number 25: download3 ################################################### res ################################################### ### code chunk number 26: SessionInfo ################################################### sessionInfo()