### R code from vignette source 'vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: data ################################################### library("yaqcaffy") library("affydata") data(Dilution) ## probe intensities modification tmp <- exprs(Dilution) tmp[,1] <- tmp[,1]*2 exprs(Dilution) <- tmp ################################################### ### code chunk number 2: yaqc ################################################### yqc <-yaqc(Dilution,verbose=TRUE) show(yqc) ################################################### ### code chunk number 3: objectversion ################################################### objectVersion(yqc) ################################################### ### code chunk number 4: plotqual ################################################### plot(yqc) ################################################### ### code chunk number 5: outlier ################################################### getOutliers(yqc,"sfs") ################################################### ### code chunk number 6: merge ################################################### yqc2<-yaqc(Dilution[,2:3]) arrays(yqc) arrays(yqc2) yqc3<-merge(yqc,yqc2) arrays(yqc3) ################################################### ### code chunk number 7: myyaqccontolprobes (eval = FALSE) ################################################### ## yqc <- yaqc(myAffyData,myYaqcControlProbes="yaqcControlProbes") ################################################### ### code chunk number 8: maqcsubsetafx ################################################### library(MAQCsubsetAFX) data(refB) d <- refB[,1] sampleNames(d) ################################################### ### code chunk number 9: reprodplot (eval = FALSE) ################################################### ## reprodPlot(d,"refA",normalize="rma") ################################################### ### code chunk number 10: reprodplorFig ################################################### reprodPlot(d,"test",normalize="none") ################################################### ### code chunk number 11: sessioninfo ################################################### toLatex(sessionInfo())