### R code from vignette source 'vignettes/sigPathway/inst/doc/sigPathway-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: sigPathway-vignette.Rnw:119-123 ################################################### library(sigPathway) data(MuscleExample) ls() ################################################### ### code chunk number 2: sigPathway-vignette.Rnw:136-140 ################################################### dim(tab) print(tab[501:504, 1:3]) table(phenotype) ################################################### ### code chunk number 3: PSIDhist ################################################### statList <- calcTStatFast(tab, phenotype, ngroups = 2) hist(statList$pval, breaks = seq(0,1,0.025), xlab = "p-value", ylab = "Frequency", main = "") ################################################### ### code chunk number 4: sigPathway-vignette.Rnw:164-170 ################################################### set.seed(1234) res.muscle <- runSigPathway(G, 20, 500, tab, phenotype, nsim = 1000, weightType = "constant", ngroups = 2, npath = 25, verbose = FALSE, allpathways = FALSE, annotpkg = "hgu133a.db", alwaysUseRandomPerm = FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: sigPathway-vignette.Rnw:226-227 ################################################### print(res.muscle$df.pathways[1:10, ]) ################################################### ### code chunk number 6: sigPathway-vignette.Rnw:243-244 ################################################### print(res.muscle$list.gPS[[7]][1:10, ]) ################################################### ### code chunk number 7: sigPathway-vignette.Rnw:280-281 ################################################### print(sessionInfo())