### R code from vignette source 'vignettes/mzR/inst/doc/mzR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: open the file ################################################### library(mzR) library(msdata) mzxml <- system.file("threonine/threonine_i2_e35_pH_tree.mzXML", package = "msdata") aa <- openMSfile(mzxml) ################################################### ### code chunk number 2: get header information ################################################### runInfo(aa) instrumentInfo(aa) header(aa,1) ################################################### ### code chunk number 3: plotspectrum ################################################### pl <- peaks(aa,10) peaksCount(aa,10) head(pl) plot(pl[,1], pl[,2], type="h", lwd=1) ################################################### ### code chunk number 4: close the file ################################################### close(aa) ################################################### ### code chunk number 5: sessioninfo ################################################### toLatex(sessionInfo())