### R code from vignette source 'vignettes/imageHTS/inst/doc/imageHTS-introduction.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: init ################################################### display = function(...) {invisible()} ################################################### ### code chunk number 2: library ################################################### library('imageHTS') ################################################### ### code chunk number 3: parseImageConf ################################################### localPath = tempdir() serverURL = system.file('submorph', package='imageHTS') x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=localPath, serverURL=serverURL) ################################################### ### code chunk number 4: configure ################################################### x = configure(x, 'conf/description.txt', 'conf/plateconf.txt', 'conf/screenlog.txt') x = annotate(x, 'conf/annotation.txt') ################################################### ### code chunk number 5: getUnames ################################################### unames = setdiff(getUnames(x), getUnames(x, content='empty')) unames ################################################### ### code chunk number 6: getWellFeatures ################################################### getWellFeatures(x, unames[1:3]) ################################################### ### code chunk number 7: segmentWells1 ################################################### uname = getUnames(x, content='rluc')[3] print(uname) y = segmentWells(x, uname=uname, segmentationPar='conf/segmentationpar.txt') display(y$cal) hseg = highlightSegmentation(0.6*y$cal, y$nseg, y$cseg, thick=TRUE) display(hseg) ################################################### ### code chunk number 8: segmentWells1h ################################################### writeImage(y$cal, 'cal.jpeg', quality=80) writeImage(hseg, 'hseg.jpeg', quality=80) ################################################### ### code chunk number 9: segmentWells2 (eval = FALSE) ################################################### ## unames = setdiff(getUnames(x), getUnames(x, content='empty')) ## segmentWells(x, unames, 'conf/segmentationpar.txt') ################################################### ### code chunk number 10: fileHTS ################################################### fileHTS(x, type='source', uname=uname, channel=1) fileHTS(x, type='seg', uname=uname) fileHTS(x, type='viewfull', uname=uname) ################################################### ### code chunk number 11: extractFeatures ################################################### extractFeatures(x, uname, 'conf/featurepar.txt') ################################################### ### code chunk number 12: readFeatures ################################################### y = readHTS(x, type='ftrs', uname=uname, format='tab') dim(y) y[1:10, 1:7] ################################################### ### code chunk number 13: histfig ################################################### hist(y$c.t.m.int, 20, xlab='Cell tubulin intensity (a.u.)', main='') abline(v=1600, col=2) cellid = which(y$c.t.m.int>1600) print(cellid) ################################################### ### code chunk number 14: traceCell ################################################### cal = readHTS(x, type='cal', uname=uname, format='rda') seg = readHTS(x, type='seg', uname=uname, format='rda') cseg = rmObjects(seg$cseg, setdiff(1:nrow(y), cellid)) hightub = highlightSegmentation(0.6*cal, cseg=cseg, thick=TRUE) display(hightub) ################################################### ### code chunk number 15: traceCellh ################################################### writeImage(hightub, 'hightub.jpeg', quality=80) ################################################### ### code chunk number 16: readLearnTS (eval = FALSE) ################################################### ## readLearnTS(x, 'conf/featurepar.txt', 'conf/trainingset.txt') ################################################### ### code chunk number 17: predictCellLabels ################################################### predictCellLabels(x, uname) ################################################### ### code chunk number 18: drawCellLabels ################################################### clab = readHTS(x, type='clabels', uname=uname, format='tab') labid = split(1:nrow(clab), clab$label) inter = seg$cseg%in%labid$I mito = seg$cseg%in%labid$M debris = seg$cseg%in%labid$D dc = Image(c(inter+mito, inter, debris+inter), colormode='Color', dim=c(dim(seg$cseg)[1:2], 3)) dc = highlightSegmentation(0.5*dc+0.2*drop(cal), cseg=seg$cseg, thick=TRUE) display(dc) ################################################### ### code chunk number 19: drawCellLabelsh ################################################### writeImage(dc, 'dc.jpeg', quality=80) ################################################### ### code chunk number 20: summarizeWells (eval = FALSE) ################################################### ## summarizeWells(x, unames, 'conf/featurepar.txt') ################################################### ### code chunk number 21: sum ################################################### profiles = readHTS(x, type='file', filename='data/profiles.tab', format='tab') wfcontent = factor(as.character(getWellFeatures(x, unames)$controlStatus)) table(wfcontent) zwf = split(1:nrow(profiles), wfcontent) ft = c('n', 'med.c.g.s', 'med.c.t.m.int', 'M', 'D') avef = do.call(rbind, lapply(zwf, function(z) colMeans(profiles[z, ft]))) print(avef) ################################################### ### code chunk number 22: imageconf ################################################### f = fileHTS(x, 'file', filename='conf/imageconf.txt') cat(paste(readLines(f), collapse='\n'), '\n') ################################################### ### code chunk number 23: segmentationpar ################################################### f = fileHTS(x, 'file', filename='conf/segmentationpar.txt') cat(paste(readLines(f), collapse='\n'), '\n') ################################################### ### code chunk number 24: featurepar ################################################### f = fileHTS(x, 'file', filename='conf/featurepar.txt') cat(paste(readLines(f), collapse='\n'), '\n') ################################################### ### code chunk number 25: script (eval = FALSE) ################################################### ## library('imageHTS') ## localPath = tempdir() ## serverURL = system.file('submorph', package='imageHTS') ## x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=localPath, serverURL=serverURL) ## x = configure(x, 'conf/description.txt', 'conf/plateconf.txt', 'conf/screenlog.txt') ## x = annotate(x, 'conf/annotation.txt') ## unames = setdiff(getUnames(x), getUnames(x, content='empty')) ## segmentWells(x, unames, 'conf/segmentationpar.txt') ## extractFeatures(x, unames, 'conf/featurepar.txt') ## readLearnTS(x, 'conf/featurepar.txt', 'conf/trainingset.txt') ## predictCellLabels(x, unames) ## summarizeWells(x, unames, 'conf/featurepar.txt') ################################################### ### code chunk number 26: init ################################################### localPath = file.path(tempdir(), 'kimorph') serverURL = 'http://www.ebi.ac.uk/~gpau/imageHTS/screens/kimorph' x = parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=localPath, serverURL=serverURL) x = configure(x, 'conf/description.txt', 'conf/plateconf.txt', 'conf/screenlog.txt') x = annotate(x, 'conf/annotation.txt') ################################################### ### code chunk number 27: get ################################################### us = setdiff(getUnames(x), getUnames(x, content='empty')) wfcontent = getWellFeatures(x, us)$controlStatus table(wfcontent) xd = readHTS(x, 'file', filename='data/profiles.tab', format='tab') xd = xd[match(us, xd$uname),] ################################################### ### code chunk number 28: boxplots ################################################### colors = c('#ffffff', NA, '#aaffff', '#ffaaff', '#ff44aa', '#aaaaff', '#aaffaa', '#ff7777', '#aaaaaa', '#ffff77') par(mfrow=c(1,2)) boxplot(xd$med.c.g.ss~wfcontent, las=2, col=colors, main='Median cell size (a.u.)') boxplot(xd$med.c.g.ec~wfcontent, las=2, col=colors, main='Median cell eccentricity (a.u.)') ################################################### ### code chunk number 29: lda1 ################################################### library(MASS) z = wfcontent %in% c('rluc', 'ubc', 'trappc3') ft = 14:50 ld = lda(xd[z, ft], as.character(wfcontent[z])) py = predict(ld, xd[, ft]) plot(py$x[,1:2]) ################################################### ### code chunk number 30: standout ################################################### unames = us[which(py$x[,1]>500)] print(unames) f = fileHTS(x, type='viewunmonted', spot=3, uname=unames[1]) img1 = readImage(f)[1791:2238,1:448,] display(img1) f = fileHTS(x, type='viewunmonted', spot=1, uname=unames[2]) img2 = readImage(f)[1:448,1:448,] display(img2) ################################################### ### code chunk number 31: standouth ################################################### writeImage(img1, 'img1.jpeg', quality=80) writeImage(img2, 'img2.jpeg', quality=80) ################################################### ### code chunk number 32: lda2 ################################################### plot(py$x[,1:2], xlim=c(-35,25), ylim=c(-20,20), cex=0.3) z = wfcontent!='sample' points(py$x[z,1:2], col=1, bg=colors[wfcontent[z]], pch=21) col = rep(1, length(levels(wfcontent))) col[2] = NA legend('topleft', legend=levels(wfcontent), col=col, pt.bg=colors[1:length(wfcontent)], pch=21, ncol=2, cex=0.8) ################################################### ### code chunk number 33: popCellPicker (eval = FALSE) ################################################### ## popWebQuery(x) ## uname = getUnames(x, content='trappc3')[1] ## popCellPicker(x, uname) ################################################### ### code chunk number 34: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())