### R code from vignette source 'vignettes/MEDME/inst/doc/MEDME.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MEDMEload ################################################### library(MEDME) data(testMEDMEset) ################################################### ### code chunk number 2: MEDMEdata ################################################### logR(testMEDMEset[1:5,]) ################################################### ### code chunk number 3: MEDMEsmooth ################################################### testMEDMEset = smooth(data = testMEDMEset, wsize = 1000, wFunction = 'linear') ################################################### ### code chunk number 4: MEDMEcpg ################################################### library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18) testMEDMEset = CGcount(data = testMEDMEset) ################################################### ### code chunk number 5: MEDMEmodel ################################################### MEDMEmodel = MEDME(data = testMEDMEset, sample = 1) ################################################### ### code chunk number 6: MEDMErun ################################################### testMEDMEset = predict(data = testMEDMEset, MEDMEfit = MEDMEmodel, MEDMEextremes = c(1,32), wsize = 1000, wFunction='linear') ################################################### ### code chunk number 7: MEDMEsee ################################################### smoothed(testMEDMEset)[1:3,] AMS(testMEDMEset)[1:3,] RMS(testMEDMEset)[1:3,]