################################################### ### chunk number 1: start1 ################################################### #line 20 "vignettes/kidpack/inst/doc/kidpack.Rnw" library(kidpack) ################################################### ### chunk number 2: start2 ################################################### #line 60 "vignettes/kidpack/inst/doc/kidpack.Rnw" data(eset) data(cloneanno) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 67 "vignettes/kidpack/inst/doc/kidpack.Rnw" unique(pData(eset)$type) cols <- c("red", "blue", "darkgreen") names(cols) <- c("ccRCC", "pRCC", "chRCC") ################################################### ### chunk number 4: fn1 ################################################### #line 75 "vignettes/kidpack/inst/doc/kidpack.Rnw" sel <- grep("fibronectin 1", cloneanno$description) cloneanno[sel, ] ################################################### ### chunk number 5: fn2 ################################################### #line 82 "vignettes/kidpack/inst/doc/kidpack.Rnw" eo <- eset[sel, order(pData(eset)$type)] x <- exprs(eo) plot(c(1, ncol(x)), range(x), type="n") for(i in 1:nrow(x)) points(x[i, ], col=cols[pData(eo)$type], pch=16) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 92 "vignettes/kidpack/inst/doc/kidpack.Rnw" data(qua) data(hybanno) data(spotanno) s1 <- cloneanno$spot1[sel] s2 <- cloneanno$spot2[sel] s1 qua[s1, "fg.green", 1:3] hybanno[1:3,]