################################################### ### chunk number 1: lkc ################################################### #line 61 "vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse.Rnw" library(encoDnaseI) data(rawCD4) rawCD4 ################################################### ### chunk number 2: lkd ################################################### #line 69 "vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse.Rnw" c19g = rawCD4[ chrnum(19) ] c19g ################################################### ### chunk number 3: lklk ################################################### #line 75 "vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse.Rnw" c19gxy = getTrkXY(c19g) plot(c19gxy) ################################################### ### chunk number 4: doinf ################################################### #line 86 "vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse.Rnw" clipSnps = function( sms, chrn, lo, hi ) { allp = getSnpLocs(sms) allp = allp-allp[1] # relative ok = allp >= lo & allp <= hi thesm = smList(sms)[[1]] rsn = colnames(thesm) rid = rsn[which(ok)] thesm = thesm[, rid, drop=FALSE] nn = new.env() tmp = list(thesm) names(tmp) = as.character(chrn) assign("smList", tmp, nn) sms@smlEnv = nn sms@activeSnpInds=which(ok) sms } rangeX = function(htrk) { range(getTrkXY(htrk)$x) } ################################################### ### chunk number 5: dogg ################################################### #line 111 "vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse.Rnw" library(GGtools) library(GGdata) h19 = getSS("GGdata", "19") rs19g = rangeX(c19g) library(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506) c19l = getSNPlocs("chr19") h19locs = rbind(rsid=as.numeric(c19l[,"RefSNP_id"]), loc=as.numeric(c19l[,"loc"])) #h19locs = getSnpLocs(hmceuB36[chrnum(19),])[[1]] goodlocs = which(h19locs[2,] >= rs19g[1] & h19locs[2,] <= rs19g[2]) h19rsn = paste("rs", h19locs[1,goodlocs], sep="") h19trim = h19[rsid(h19rsn),] #ok #c19gf = clipSnps( hmceuB36[chrnum(19),], chrnum(19), rs19g[1], rs19g[2] ) #c19gf ################################################### ### chunk number 6: lkmxi1 ################################################### #line 129 "vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse.Rnw" oo = options() # don't take warnings on multiple probes... caveat emptor options(warn=0) library(GGtools) showMethods("gwSnpTests") smxi1 = gwSnpTests(genesym("MXI1")~1-1, h19trim, chrnum(19)) smxi1 #plot(smxi1) options(oo) ################################################### ### chunk number 7: doj ################################################### #line 144 "vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse.Rnw" print(juxtaPlot( c19g, smxi1, h19locs )) ################################################### ### chunk number 8: donex ################################################### #line 150 "vignettes/encoDnaseI/inst/doc/dnaseUse.Rnw" oo = options() options(warn=0) sOSR2 = gwSnpTests(genesym("OSR2")~1-1, h19trim, chrnum(19)) print(juxtaPlot( c19g, sOSR2, h19locs )) options(oo)