################################################### ### chunk number 1: lkm ################################################### #line 56 "vignettes/Neve2006/inst/doc/neve06notes.Rnw" library(Neve2006) data(neveRMAmatch) neveRMAmatch experimentData(neveRMAmatch) data(neveCGHmatch) neveCGHmatch all.equal(sampleNames(neveRMAmatch), sampleNames(neveCGHmatch)) ################################################### ### chunk number 2: lkc ################################################### #line 75 "vignettes/Neve2006/inst/doc/neve06notes.Rnw" featureData(neveCGHmatch)[1:5,] ################################################### ### chunk number 3: lkrp ################################################### #line 88 "vignettes/Neve2006/inst/doc/neve06notes.Rnw" pData(featureData(neveCGHmatch))[grep("RP11-265K5", featureNames(neveCGHmatch)),] ################################################### ### chunk number 4: doid ################################################### #line 101 "vignettes/Neve2006/inst/doc/neve06notes.Rnw" library(hgu133a.db) library(annotate) cb = as.list(hgu133aMAP) G8p12ind = grep("8p12", unlist(cb)) ps8p12 = names(unlist(cb)[G8p12ind]) nevex = exprs(neveRMAmatch)[ps8p12,] syms = as.character(unlist(lookUp(rownames(nevex), "hgu133a", "SYMBOL"))) ################################################### ### chunk number 5: getlr ################################################### #line 112 "vignettes/Neve2006/inst/doc/neve06notes.Rnw" nevlr = as.numeric(logRatios(neveCGHmatch)["RP11-265K5",]) ################################################### ### chunk number 6: dopl ################################################### #line 115 "vignettes/Neve2006/inst/doc/neve06notes.Rnw" par(mfrow=c(2,2)) for (i in c(2,8,11,20)) plot( nevlr, nevex[i,], xlab="logratio", ylab="RMA expression", main=syms[i]) par(mfrow=c(1,1))