################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 49 "vignettes/DO.db/inst/doc/DO.db.Rnw" library(DO.db) help(DO.db) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 59 "vignettes/DO.db/inst/doc/DO.db.Rnw" FirstTenDOBimap <- DOTERM[1:10] ##grab thet ten class(FirstTenDOBimap) xx <- as.list(FirstTenDOBimap) DOID(xx[[2]]) Term(xx[[2]]) Synonym(xx[[2]]) Secondary(xx[[2]]) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 83 "vignettes/DO.db/inst/doc/DO.db.Rnw" xx <- as.list(DOANCESTOR) # Remove DO IDs that do not have any ancestor xx <- xx[!is.na(xx)] # Display the first 4 DOID's ancestor xx[1:4] ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 99 "vignettes/DO.db/inst/doc/DO.db.Rnw" xx <- as.list(DOPARENTS) # Remove DO IDs that do not have any ancestor xx <- xx[!is.na(xx)] # Display the first 4 DOID's ancestor xx[1:4] ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 118 "vignettes/DO.db/inst/doc/DO.db.Rnw" xx <- as.list(DOOFFSPRING) # Remove DO IDs that do not have any ancestor xx <- xx[!is.na(xx)] # Display the first 4 DOID's ancestor xx[1] ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 136 "vignettes/DO.db/inst/doc/DO.db.Rnw" xx <- as.list(DOCHILDREN) # Remove DO IDs that do not have any ancestor xx <- xx[!is.na(xx)] # Display the first 4 DOID's ancestor xx[1] ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 148 "vignettes/DO.db/inst/doc/DO.db.Rnw" DO_dbschema() ################################################### ### chunk number 8: ################################################### #line 154 "vignettes/DO.db/inst/doc/DO.db.Rnw" DOMAPCOUNTS