################################################### ### chunk number 1: data ################################################### #line 91 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" library("yaqcaffy") library("affydata") data(Dilution) ## probe intensities modification tmp <- exprs(Dilution) tmp[,1] <- tmp[,1]*2 exprs(Dilution) <- tmp ################################################### ### chunk number 2: yaqc ################################################### #line 113 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" yqc <-yaqc(Dilution,verbose=TRUE) show(yqc) ################################################### ### chunk number 3: objectversion ################################################### #line 120 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" objectVersion(yqc) ################################################### ### chunk number 4: plotqual ################################################### #line 140 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" plot(yqc) ################################################### ### chunk number 5: outlier ################################################### #line 151 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" getOutliers(yqc,"sfs") ################################################### ### chunk number 6: merge ################################################### #line 161 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" yqc2<-yaqc(Dilution[,2:3]) arrays(yqc) arrays(yqc2) yqc3<-merge(yqc,yqc2) arrays(yqc3) ################################################### ### chunk number 7: myyaqccontolprobes eval=FALSE ################################################### ## #line 200 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" ## yqc <- yaqc(myAffyData,myYaqcControlProbes="yaqcControlProbes") ################################################### ### chunk number 8: maqcsubsetafx ################################################### #line 208 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" library(MAQCsubsetAFX) data(refB) d <- refB[,1] sampleNames(d) ################################################### ### chunk number 9: reprodplot eval=FALSE ################################################### ## #line 219 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" ## reprodPlot(d,"refA",normalize="rma") ################################################### ### chunk number 10: reprodplorFig ################################################### #line 226 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" reprodPlot(d,"test",normalize="none") ################################################### ### chunk number 11: sessioninfo ################################################### #line 237 "vignettes/yaqcaffy/inst/doc/yaqcaffy.Rnw" toLatex(sessionInfo())