################################################### ### chunk number 1: lib ################################################### #line 28 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" require(snpStats) ################################################### ### chunk number 2: sysfile ################################################### #line 98 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" pedfile <- system.file("extdata/sample.ped.gz", package="snpStats") pedfile infofile <- system.file("extdata/sample.info", package="snpStats") ################################################### ### chunk number 3: redpedfile ################################################### #line 104 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" sample <- read.pedfile(pedfile, snps=infofile) ################################################### ### chunk number 4: sample1 ################################################### #line 110 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" sample$genotypes col.summary(sample$genotypes)$MAF head(col.summary(sample$genotypes)) ################################################### ### chunk number 5: sample2 ################################################### #line 117 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" head(sample$fam) ################################################### ### chunk number 6: sample3 ################################################### #line 129 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" head(sample$map) ################################################### ### chunk number 7: plink ################################################### #line 149 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" fam <- system.file("extdata/sample.fam", package="snpStats") bim <- system.file("extdata/sample.bim", package="snpStats") bed <- system.file("extdata/sample.bed", package="snpStats") sample <- read.plink(bed, bim, fam) ################################################### ### chunk number 8: plinkout ################################################### #line 157 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" sample$genotypes col.summary(sample$genotypes)$MAF head(sample$fam) head(sample$map) ################################################### ### chunk number 9: plinkselect ################################################### #line 170 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" subset <- read.plink(bed, bim, fam, select.snps=6:10) subset$genotypes col.summary(subset$genotypes)$MAF subset$map ################################################### ### chunk number 10: longfile ################################################### #line 187 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" longfile <- system.file("extdata/sample-long.gz", package="snpStats") longfile ################################################### ### chunk number 11: ssid ################################################### #line 206 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" samples <- paste("subject", 1:100, sep="") snps <- paste("snp", 1:18, sep="") ################################################### ### chunk number 12: readlong ################################################### #line 212 "vignettes/snpStats/inst/doc/data-input-vignette.Rnw" gdata <- read.snps.long(longfile, sample.id=samples, snp.id=snps, fields=c(snp=1, sample=2, genotype=3, confidence=4), codes=c("1", "2", "3"), sep="\t", threshold=0.95) gdata summary(gdata)