################################################### ### chunk number 1: loadlibs ################################################### #line 53 "vignettes/simulatorAPMS/inst/doc/simulatorAPMS.Rnw" library(simulatorAPMS) ################################################### ### chunk number 2: apEx ################################################### #line 159 "vignettes/simulatorAPMS/inst/doc/simulatorAPMS.Rnw" data(apEX) apEX ################################################### ### chunk number 3: simEX ################################################### #line 209 "vignettes/simulatorAPMS/inst/doc/simulatorAPMS.Rnw" data(simEX) simEX ################################################### ### chunk number 4: simulate ################################################### #line 258 "vignettes/simulatorAPMS/inst/doc/simulatorAPMS.Rnw" data(TSNMatrix) data(vBaitsEX) data(missedProtEX) vDeformed <- vBaitsEX[2] vSticky <- vBaitsEX[5] rateFP <- 0.10 rateFN <- 0.25 rateD <- 0.50 rateS <- 0.66 seeed <- 237 runSimulators(TSNMatrix, vBaitsEX, vDeformed, vSticky, rateFP, rateFN, rateD, rateS, missedProtEX, seeed) ################################################### ### chunk number 5: runapComplex ################################################### #line 279 "vignettes/simulatorAPMS/inst/doc/simulatorAPMS.Rnw" data(runSimEX) data(vBaitsEX) runAPComplex(runSimEX, vBaitsEX)