################################################### ### chunk number 1: initialize ################################################### #line 25 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" options(width=70) ################################################### ### chunk number 2: rtl-init ################################################### #line 97 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" library("humanStemCell") data(fhesc) library("genefilter") filtFhesc <- nsFilter(fhesc)[[1]] library("limma") design <- model.matrix(~filtFhesc$Diff) hesclim <- lmFit(filtFhesc, design) hesceb <- eBayes(hesclim) tab <- topTable(hesceb, coef = 2, adjust.method = "BH", n = 7676) tab2 <- tab[(tab$logFC > 1) & (tab$adj.P.Val < 0.01),] affyIDs <- tab2$ID library("microRNA") data(hsTargets) library("hgu133plus2.db") entrezIDs <- mappedRkeys(hgu133plus2ENTREZID[affyIDs]) library("org.Hs.eg.db") mappedEntrezIDs <- entrezIDs[entrezIDs %in% mappedkeys(org.Hs.egENSEMBLTRANS)] ensemblIDs <- mappedRkeys(org.Hs.egENSEMBLTRANS[mappedEntrezIDs]) targetMatches <- match(ensemblIDs, hsTargets$target, 0) ## same as data(targets) targets <- hsTargets[targetMatches,] ################################################### ### chunk number 3: rtl-miRNA-track ################################################### #line 125 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" library(rtracklayer) library(GenomicRanges) ## call data(targets) if skipping first block head(targets) targetRanges <- IRanges(targets$start, targets$end) targetTrack <- with(targets, GRangesForUCSCGenome("hg18", paste("chr", chrom, sep = ""), targetRanges, strand, name, target)) ################################################### ### chunk number 4: rtl-miRNA-track-seqinfo ################################################### #line 144 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" genome(targetTrack) head(seqlengths(targetTrack)) ################################################### ### chunk number 5: feature-data-accessors ################################################### #line 174 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" head(seqnames(targetTrack)) head(start(targetTrack)) ################################################### ### chunk number 6: sol-1 ################################################### #line 188 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" head(strand(targetTrack)) head(width(targetTrack)) data.frame(chrom = as.factor(seqnames(targetTrack)), start = start(targetTrack), end = end(targetTrack), strand = as.factor(strand(targetTrack))) ################################################### ### chunk number 7: subset-features ################################################### #line 206 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## get the first 10 targets first10 <- targetTrack[1:10] ## get pos strand targets posTargets <- targetTrack[strand(targetTrack) == "+"] ## get the targets on chr1 chr1Targets <- targetTrack[seqnames(targetTrack) == "chr1"] ################################################### ### chunk number 8: sol-2 ################################################### #line 223 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" negChr2Targets <- targetTrack[strand(targetTrack) == "-" & seqnames(targetTrack) == "chr2"] ################################################### ### chunk number 9: export eval=FALSE ################################################### ## #line 245 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## export(targetTrack, "targets.bed") ################################################### ### chunk number 10: import eval=FALSE ################################################### ## #line 254 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## restoredTrack <- import("targets.bed") ################################################### ### chunk number 11: import-gr eval=FALSE ################################################### ## #line 261 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## restoredTrack <- import("targets.bed", asRangedData = FALSE) ################################################### ### chunk number 12: sol-3 ################################################### #line 279 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" export(targetTrack, "targets.gff") targetGff <- import("targets.gff") targetChar <- export(targetTrack, format = "gff1") ################################################### ### chunk number 13: browserSession eval=FALSE ################################################### ## #line 302 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## session <- browserSession("UCSC") ################################################### ### chunk number 14: genomeBrowsers ################################################### #line 308 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" genomeBrowsers() ################################################### ### chunk number 15: layTrack eval=FALSE ################################################### ## #line 317 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## track(session, "targets") <- targetTrack ################################################### ### chunk number 16: sol-4 eval=FALSE ################################################### ## #line 334 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## session$target100 <- targetTrack[1:100] ################################################### ### chunk number 17: take-subset ################################################### #line 348 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" subTargetTrack <- targetTrack[1] # get first feature ################################################### ### chunk number 18: view-subset eval=FALSE ################################################### ## #line 358 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## view <- browserView(session, subTargetTrack * -10, pack = "targets") ################################################### ### chunk number 19: view-subset-multi eval=FALSE ################################################### ## #line 363 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## view <- browserView(session, targetTrack[1:5] * -10, pack = "targets") ################################################### ### chunk number 20: sol-6 eval=FALSE ################################################### ## #line 377 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## viewOut <- browserView(session, range(view) * -2) ## viewFull <- browserView(session, full = "targets") ################################################### ### chunk number 21: browseGenome eval=FALSE ################################################### ## #line 389 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## browseGenome(targetTrack, range = subTargetTrack * -10) ################################################### ### chunk number 22: browseGenome-simple eval=FALSE ################################################### ## #line 394 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## browseGenome(subTargetTrack) ################################################### ### chunk number 23: get-track-names eval=FALSE ################################################### ## #line 404 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## loaded_tracks <- trackNames(session) ################################################### ### chunk number 24: get-track-data eval=FALSE ################################################### ## #line 411 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## subTargetTrack <- track(session, "targets") ################################################### ### chunk number 25: get-track-segment eval=FALSE ################################################### ## #line 424 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## chr1Targets <- track(session, "targets", chr1Targets) ################################################### ### chunk number 26: sol-7 eval=FALSE ################################################### ## #line 435 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## region <- range(subTargetTrack) + 500 ## targetSNP <- track(session, "snp130", region) ## as.data.frame(targetSNP) ## targetGene <- track(session, "knownGene", region) ## as.data.frame(targetGene) ################################################### ### chunk number 27: genomeSegment-view eval=FALSE ################################################### ## #line 453 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## segment <- range(view) ################################################### ### chunk number 28: tracks-view eval=FALSE ################################################### ## #line 458 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## visible_tracks <- trackNames(view) ## trackNames(view) <- visible_tracks ################################################### ### chunk number 29: track-modes-view eval=FALSE ################################################### ## #line 465 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## modes <- ucscTrackModes(view) ################################################### ### chunk number 30: set-track-modes eval=FALSE ################################################### ## #line 473 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## modes["targets"] ## modes["targets"] <- "full" ## ucscTrackModes(view) <- modes ################################################### ### chunk number 31: browserViews eval=FALSE ################################################### ## #line 482 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## views <- browserViews(session) ## length(views) ################################################### ### chunk number 32: sol-8 eval=FALSE ################################################### ## #line 496 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## viewTarget <- track(session, "targets", range(view)) ## trackNames(view) <- c("snp130", "knownGene", "targets") ## ucscTrackModes(view)["knownGene"] <- "hide" ################################################### ### chunk number 33: load-snp ################################################### #line 513 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" library(rtracklayer) data(cpneTrack) ################################################### ### chunk number 34: datavals-accessor ################################################### #line 527 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" head(score(cpneTrack)) ################################################### ### chunk number 35: trackData ################################################### #line 540 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" plot(start(cpneTrack), score(cpneTrack)) ################################################### ### chunk number 36: layTrack-snp eval=FALSE ################################################### ## #line 555 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## session <- browserSession() ## session$cpne <- cpneTrack ################################################### ### chunk number 37: browserView-snp eval=FALSE ################################################### ## #line 583 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## view <- browserView(session, range(cpneTrack[1:5,]), full = "cpne") ################################################### ### chunk number 38: layTrack-snp2 eval=FALSE ################################################### ## #line 598 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## track(session, "cpne2", autoScale = FALSE, yLineOnOff = TRUE, ## yLineMark = quantile(score(cpneTrack), .25)) <- cpneTrack ## view <- browserView(session, range(cpneTrack[1:5,]), full = "cpne2") ################################################### ### chunk number 39: search-nrsf ################################################### #line 621 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) nrsfHits <- matchPattern("TCAGCACCATGGACAG", Hsapiens[["chr1"]]) length(nrsfHits) # number of hits ################################################### ### chunk number 40: track-nrsf ################################################### #line 632 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" nrsfTrack <- GenomicData(nrsfHits, strand="+", chrom="chr1", genome = "hg19") ################################################### ### chunk number 41: browserView-nrsf eval=FALSE ################################################### ## #line 651 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" ## session <- browseGenome(nrsfTrack, range = range(nrsfTrack[1,]) * -10) ################################################### ### chunk number 42: session-info ################################################### #line 665 "vignettes/rtracklayer/inst/doc/rtracklayer.Rnw" sessionInfo()