################################################### ### chunk number 1: foo ################################################### #line 34 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" options(keep.source = TRUE, width = 60) foo <- packageDescription("rHVDM") ################################################### ### chunk number 2: loading ################################################### #line 121 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" library(rHVDM) ##the three other packages also get loaded ################################################### ### chunk number 3: loadingdata ################################################### #line 125 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" data(HVDMexample) ################################################### ### chunk number 4: quickanddirtymeaserrors ################################################### #line 142 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" anothereset<-assayDataElementReplace(fiveGyMAS5,'se.exprs',5 + exprs(fiveGyMAS5)*0.1) ################################################### ### chunk number 5: calculateerrors ################################################### #line 148 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" anothereset<-estimerrors(eset=fiveGyMAS5,plattid="affy_HGU133A") ################################################### ### chunk number 6: deletedirtyset ################################################### #line 154 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" rm(anothereset) ################################################### ### chunk number 7: trypdatacommand ################################################### #line 158 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" pData(fiveGyMAS5) ################################################### ### chunk number 8: HVDMcheckcommand ################################################### #line 162 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" HVDMcheck(fiveGyMAS5) ################################################### ### chunk number 9: createnewpdata ################################################### #line 168 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" norepl3<-pData(fiveGyMAS5) norepl3<-norepl3[norepl3$replicate!=3,] ################################################### ### chunk number 10: checknewpdata ################################################### #line 173 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" HVDMcheck(fiveGyMAS5,pdata=norepl3) ################################################### ### chunk number 11: garbagecollection ################################################### #line 181 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" rm(norepl3) ################################################### ### chunk number 12: training ################################################### #line 186 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53<-training(eset=fiveGyMAS5,genes=p53traingenes, degrate=0.8,actname="p53") ################################################### ### chunk number 13: trainigunanchored ################################################### #line 229 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53na<-training(eset=fiveGyMAS5,genes=p53traingenes,actname="p53") ################################################### ### chunk number 14: trainingbadgene ################################################### #line 238 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53b<-training(eset=fiveGyMAS5,genes=c(p53traingenes,"202688_at"), degrate=0.8,actname="p53") ################################################### ### chunk number 15: garbagecollectionagain ################################################### #line 249 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" rm(tHVDMp53na,tHVDMp53b) ################################################### ### chunk number 16: agoodgene ################################################### #line 256 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" gHVDMCD38<-fitgene(eset=fiveGyMAS5,gene="205692_s_at",tHVDM=tHVDMp53) ################################################### ### chunk number 17: thesamegene ################################################### #line 260 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" gHVDMCD38<-fitgene(eset=fiveGyMAS5,gene="205692_s_at",tHVDM=tHVDMp53, firstguess=gHVDMCD38) ################################################### ### chunk number 18: badgene ################################################### #line 269 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" gHVDMtnf10l<-fitgene(eset=fiveGyMAS5,gene="202688_at",tHVDM=tHVDMp53) ################################################### ### chunk number 19: screenall ################################################### #line 278 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" sHVDMp53<-screening(eset=fiveGyMAS5,genes=genestoscreen[1:5],HVDM=tHVDMp53) ################################################### ### chunk number 20: targetlist ################################################### #line 284 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" p53targets<-sHVDMp53$results[sHVDMp53$results$class1,] ################################################### ### chunk number 21: newscreen ################################################### #line 288 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" sHVDMp53<-screening(HVDM=sHVDMp53,cl1modelscorehigh=80.0, cl1zscorelow=3.5) ################################################### ### chunk number 22: extractavalue ################################################### #line 310 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53$dm$signal[paste("202284_s_at","5Gy","2",6,sep=".")] ################################################### ### chunk number 23: extractanactivitytimepoint ################################################### #line 318 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53$par$parameters[paste("p53","5Gy","2",6,sep=".")] ################################################### ### chunk number 24: extractaparameter ################################################### #line 322 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53$par$parameters[paste("203409_at","Dj",sep=".")] ################################################### ### chunk number 25: knownvalues ################################################### #line 326 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53$distribute$known ################################################### ### chunk number 26: freeparams ################################################### #line 330 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53$par$parameters[tHVDMp53$distribute$free] ################################################### ### chunk number 27: scoreobject ################################################### #line 338 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53$scores$withintc[[1]]$score ################################################### ### chunk number 28: differentialoperator ################################################### #line 350 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" tHVDMp53$tc[[1]]$A ################################################### ### chunk number 29: confidenceintervalsfortraining ################################################### #line 406 "vignettes/rHVDM/inst/doc/rHVDM.Rnw" vcov<-solve(tHVDMp53$results$hessian) sdev<-1.96*diag(vcov)^0.5 #compute half confidence interval in #transformed domain work<-tHVDMp53 #create a copy of the example to work with central<-.exportfree(work) #extract transformed, fitted values nams<-names(central) #extract vector of labels upperbounds<- (.importfree(HVDM=work,x=central[nams]+sdev[nams]))$par$parameters #.importfree() imports the transformed values for the upper bound #into the "work" object and performs the inverse transform (here, an #exponential) upon import, a new HVDM object is returned by this #command. The $par$parameters suffix extracts the parameter vector. #Note that the upperbounds vector will contain all parameter values, #ie not only those fitted in LM. lowerbounds<- (.importfree(HVDM=work,x=central[nams]-sdev[nams]))$par$parameters #a similar command is used to extract the lower bounds. rm(work) #get rid of this no longer needed object