################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 46 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" library(qrqc) s.fastq <- readSeqFile(system.file('extdata', 'test.fastq', package='qrqc')) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 50 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" s.fastq@filename <- 'test.fastq' # otherwise a long temp dir will be here ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 65 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" s.fastq ################################################### ### chunk number 4: figPlotQuals ################################################### #line 88 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" plotQuals(s.fastq) ################################################### ### chunk number 5: figPlotQuals-trimmed ################################################### #line 114 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" s.trimmed.fastq <- readSeqFile(system.file('extdata', 'test-trimmed.fastq', package='qrqc')) plotQuals(s.trimmed.fastq) ################################################### ### chunk number 6: figPlotBase-freqs ################################################### #line 133 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" plotBases(s.fastq, type="freq") ################################################### ### chunk number 7: figPlotBase-prop ################################################### #line 157 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" plotBases(s.fastq, type="prop") ################################################### ### chunk number 8: figPlotSeqLengths ################################################### #line 171 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" plotSeqLengths(s.trimmed.fastq) ################################################### ### chunk number 9: figPlotGC ################################################### #line 185 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" plotGC(s.fastq) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### #line 250 "vignettes/qrqc/inst/doc/qrqc.Rnw" sessionInfo()