################################################### ### chunk number 1: prepare ################################################### #line 50 "vignettes/prada/inst/doc/prada2cellHTS.Rnw" library("cellHTS") ################################################### ### chunk number 2: readPlateData ################################################### #line 56 "vignettes/prada/inst/doc/prada2cellHTS.Rnw" experimentName = "ApoptosisScreen" dataPath = system.file("extdata", package = "prada") x = readPlateData("Platelist.txt", name = experimentName, path = dataPath, verbose = FALSE) x ################################################### ### chunk number 3: configure ################################################### #line 69 "vignettes/prada/inst/doc/prada2cellHTS.Rnw" confFile = file.path(dataPath, "Plateconf.txt") logFile = file.path(dataPath, "Screenlog.txt") descripFile = file.path(dataPath, "Description.txt") x = configure(x, confFile, logFile, descripFile) ################################################### ### chunk number 4: normalize ################################################### #line 82 "vignettes/prada/inst/doc/prada2cellHTS.Rnw" x$xnorm <- -log10(x$xraw) x$state["normalized"] <- TRUE ################################################### ### chunk number 5: report eval=FALSE ################################################### ## #line 90 "vignettes/prada/inst/doc/prada2cellHTS.Rnw" ## geneIDFile = file.path(dataPath, "GeneIDs.txt") ## x = annotate(x, geneIDFile) ## writeReport(x, force = TRUE, plotPlateArgs = list(xrange = c(0.2, ## 1.5), xcol=c("white", "red")), ## imageScreenArgs = list(zrange = c(-2, 6.5), ar = 1))