################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 44 "vignettes/pcaMethods/inst/doc/missingValues.Rnw" library(pcaMethods) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 47 "vignettes/pcaMethods/inst/doc/missingValues.Rnw" data(metaboliteData) mD <- metaboliteData sum(is.na(mD)) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 53 "vignettes/pcaMethods/inst/doc/missingValues.Rnw" pc <- pca(mD, nPcs=3, method="ppca") imputed <- completeObs(pc) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 59 "vignettes/pcaMethods/inst/doc/missingValues.Rnw" data(metaboliteDataComplete) mdComp <- metaboliteDataComplete sum((mdComp[is.na(mD)] - imputed[is.na(mD)])^2) / sum(mdComp[is.na(mD)]^2) ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 65 "vignettes/pcaMethods/inst/doc/missingValues.Rnw" imputedNipals <- completeObs(pca(mD, nPcs=3, method="nipals")) sum((mdComp[is.na(mD)] - imputedNipals[is.na(mD)])^2) / sum(mdComp[is.na(mD)]^2) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 72 "vignettes/pcaMethods/inst/doc/missingValues.Rnw" library(Biobase) data(sample.ExpressionSet) exSet <- sample.ExpressionSet exSetNa <- exSet exprs(exSetNa)[sample(13000, 200)] <- NA lost <- is.na(exprs(exSetNa)) pc <- pca(exSetNa, nPcs=2, method="ppca") impExSet <- asExprSet(pc, exSetNa) sum((exprs(exSet)[lost] - exprs(impExSet)[lost])^2) / sum(exprs(exSet)[lost]^2)