################################################### ### chunk number 1: lkmapk ################################################### #line 76 "vignettes/pathRender/inst/doc/plotExG.Rnw" library(graph) library(Rgraphviz) data(pancrCaIni) plot(pancrCaIni, nodeAttrs=pwayRendAttrs(pancrCaIni)) ################################################### ### chunk number 2: doall ################################################### #line 89 "vignettes/pathRender/inst/doc/plotExG.Rnw" library(ALL) if (!exists("ALL")) data(ALL) ################################################### ### chunk number 3: doredu ################################################### #line 102 "vignettes/pathRender/inst/doc/plotExG.Rnw" if ("package:hgu95av2" %in% search()) detach("package:hgu95av2") library(hgu95av2.db) red1 = reduceES( ALL, nodes(pancrCaIni), revmap(hgu95av2SYMBOL), "symbol" ) red1 pData(featureData(red1)) ################################################### ### chunk number 4: dored2 ################################################### #line 114 "vignettes/pathRender/inst/doc/plotExG.Rnw" collap1 = reduceES( ALL, nodes(pancrCaIni), revmap(hgu95av2SYMBOL), "symbol", mean ) collap1 ################################################### ### chunk number 5: dothp ################################################### #line 122 "vignettes/pathRender/inst/doc/plotExG.Rnw" library(RColorBrewer) plotExGraph(pancrCaIni, collap1, 1)