################################################### ### chunk number 1: setup ################################################### #line 76 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" DontRun <- TRUE ################################################### ### chunk number 2: getLLtags ################################################### #line 102 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" library(org.Hs.eg.db) lltags <- ls(org.Hs.egGO) ################################################### ### chunk number 3: countTags ################################################### #line 107 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" print(length(lltags)) ################################################### ### chunk number 4: getAnnot ################################################### #line 117 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" kvmap <- list() hllgoEnv <- new.env(hash=TRUE) library(GO.db) ################################################### ### chunk number 5: getGOMF ################################################### #line 125 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" GOtags <- ls(GOTERM) library(Biobase) library(annotate) GOlabs <- mget(GOtags, GOTERM) GOMFtags <- GOtags[sapply(GOlabs,Ontology)=="MF"] #GOMFterms <- unlist(mget(GOMFtags,env=GOTERM)) #ntags <- length(GOMFtags) #if (any(duplicated(GOMFterms))) # { # dups <- (1:ntags)[duplicated(GOMFterms)] # GOMFterms[dups] <- paste(GOMFterms[dups],".2",sep="") # } #names(GOMFterms) <- GOMFtags ################################################### ### chunk number 6: iterateLoci ################################################### #line 145 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" if (!(DontRun)) { cat(length(lltags)) for (i in 1:length(lltags)) { if (i %% 200 == 0) cat(i) tmp <- get(lltags[i], org.Hs.egGO) tmp = gsub("@.*$","", tmp) tmp <- tmp[ tmp %in% GOMFtags ] if (length(tmp)>0) { kvmap[[ lltags[i] ]] <- tmp assign( lltags[i], tmp, env=hllgoEnv ) } } } ################################################### ### chunk number 7: getGOtargets ################################################### #line 169 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" if (!(DontRun)) { print(length(kvmap)) gotargs <- sort(unique(unlist(kvmap))) llused <- names(kvmap) print(length(gotargs)) } ################################################### ### chunk number 8: makeNamedSparse ################################################### #line 184 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" library(ontoTools) if (!DontRun) { LL2GOMFooMap.1.18 <- otkvEnv2namedSparse( llused, gotargs, hllgoEnv ) save(LL2GOMFooMap.1.18, file="LL2GOMFooMap1.18.rda", compress=TRUE) save.image() } if (DontRun) data(LL2GOMFooMap.1.18) ################################################### ### chunk number 9: gogr ################################################### #line 200 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" if (!DontRun) {goMFgraph.1.18 <- buildGOgraph()} else data(goMFgraph.1.18) save.image() ################################################### ### chunk number 10: rDAG ################################################### #line 207 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" if (!DontRun) { go1.18DAG <- new("rootedDAG", root="GO:0003674", DAG=goMFgraph.1.18) GOMF1.18 <- new("ontology", name="GOMF", version="bioc 2.0", rDAG=go1.18DAG) } if (!DontRun) {goMFamat.1.18 <- accessMat(GOMF1.18)} else {data(goMFamat.1.18)} save.image() ################################################### ### chunk number 11: makeOOC ################################################### #line 216 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" if (!DontRun) LL2GOMFooc1.18 <- new("OOC", ontology=GOMF1.18, OOmap=LL2GOMFooMap.1.18) save.image() ################################################### ### chunk number 12: conceptProbs ################################################### #line 228 "vignettes/ontoTools/inst/doc/ontoToolsArchiving.Rnw" if (!DontRun) LL2GOMFcp.1.18 <- conceptProbs( ooc=LL2GOMFooc1.18, acc=goMFamat.1.18 ) save.image()