################################################### ### chunk number 1: preliminaries ################################################### #line 57 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" options(prompt = "R> ") ################################################### ### chunk number 2: mosaics-prelim ################################################### #line 61 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" library("mosaics") ################################################### ### chunk number 3: mosaicsExample-prelim ################################################### #line 102 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" library(mosaicsExample) ################################################### ### chunk number 4: ts-readbin ################################################### #line 108 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" exampleBinData <- readBins( type=c("chip","input","M","GC","N"), fileName=c( system.file( file.path("extdata","chip_chr21.txt"), package="mosaicsExample"), system.file( file.path("extdata","input_chr21.txt"), package="mosaicsExample"), system.file( file.path("extdata","M_chr21.txt"), package="mosaicsExample"), system.file( file.path("extdata","GC_chr21.txt"), package="mosaicsExample"), system.file( file.path("extdata","N_chr21.txt"), package="mosaicsExample") ) ) ################################################### ### chunk number 5: ts-bindata-show ################################################### #line 132 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" exampleBinData ################################################### ### chunk number 6: ts-bindata-print ################################################### #line 138 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" print(exampleBinData)[51680:51690,] ################################################### ### chunk number 7: ts-bindata-plot eval=FALSE ################################################### ## #line 153 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" ## plot(exampleBinData) ## plot( exampleBinData, plotType="M" ) ## plot( exampleBinData, plotType="GC" ) ## plot( exampleBinData, plotType="input" ) ## plot( exampleBinData, plotType="M|input" ) ## plot( exampleBinData, plotType="GC|input" ) ################################################### ### chunk number 8: fig-bindata-plot-hist ################################################### #line 181 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" plot(exampleBinData) ################################################### ### chunk number 9: fig-bindata-plot-M ################################################### #line 191 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" plot( exampleBinData, plotType="M" ) ################################################### ### chunk number 10: fig-bindata-plot-GC ################################################### #line 200 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" plot( exampleBinData, plotType="GC" ) ################################################### ### chunk number 11: fig-bindata-plot-input ################################################### #line 209 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" plot( exampleBinData, plotType="input" ) ################################################### ### chunk number 12: fig-bindata-plot-M-input ################################################### #line 219 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" plot( exampleBinData, plotType="M|input" ) ################################################### ### chunk number 13: fig-bindata-plot-GC-input ################################################### #line 229 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" plot( exampleBinData, plotType="GC|input" ) ################################################### ### chunk number 14: ts-mosaicsfit eval=FALSE ################################################### ## #line 242 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" ## exampleFit <- mosaicsFit( exampleBinData, analysisType="TS" ) ################################################### ### chunk number 15: ts-mosaicsfit-load-fit ################################################### #line 246 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" data(exampleFit) ################################################### ### chunk number 16: ts-mosaicsfit-show ################################################### #line 266 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" exampleFit ################################################### ### chunk number 17: ts-mosaicsfit-plot eval=FALSE ################################################### ## #line 278 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" ## plot(exampleFit) ################################################### ### chunk number 18: fig-mosaicsfit-plot ################################################### #line 284 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" plot(exampleFit) ################################################### ### chunk number 19: ts-mosaicspeak ################################################### #line 313 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" examplePeak <- mosaicsPeak( exampleFit, signalModel="2S", FDR=0.05, maxgap=200, minsize=50, thres=10 ) ################################################### ### chunk number 20: ts-mosaicspeak-show ################################################### #line 348 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" examplePeak ################################################### ### chunk number 21: ts-mosaicspeak-print ################################################### #line 366 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" print(examplePeak)[1:15,] ################################################### ### chunk number 22: ts-mosaicspeak-export ################################################### #line 379 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" export( examplePeak, type="txt", fileLoc=".", fileName="TSpeakList.txt", chrID="chr21" ) export( examplePeak, type="bed", fileLoc=".", fileName="TSpeakList.bed", chrID="chr21" ) export( examplePeak, type="gff", fileLoc=".", fileName="TSpeakList.gff", chrID="chr21" ) ################################################### ### chunk number 23: os-readbin ################################################### #line 402 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" OneSampleBinData <- readBins( type=c("chip","M","GC","N"), fileName=c( system.file( file.path("extdata","chip_chr21.txt"), package="mosaicsExample"), system.file( file.path("extdata","M_chr21.txt"), package="mosaicsExample"), system.file( file.path("extdata","GC_chr21.txt"), package="mosaicsExample"), system.file( file.path("extdata","N_chr21.txt"), package="mosaicsExample") ) ) ################################################### ### chunk number 24: os-mosaicsfit eval=FALSE ################################################### ## #line 416 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" ## OneSampleFit <- mosaicsFit( OneSampleBinData, analysisType="OS" ) ################################################### ### chunk number 25: os-mosaicspeak eval=FALSE ################################################### ## #line 423 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" ## OneSamplePeak <- mosaicsPeak( OneSampleFit, signalModel="2S", FDR=0.05, ## maxgap=200, minsize=50, thres=10 ) ################################################### ### chunk number 26: io-mosaicsfit eval=FALSE ################################################### ## #line 437 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" ## inputOnlyFit <- mosaicsFit( exampleBinData, analysisType="IO" ) ################################################### ### chunk number 27: io-readbin ################################################### #line 445 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" inputOnlyBinData <- readBins( type=c("chip","input"), fileName=c( system.file( file.path("extdata","chip_chr21.txt"), package="mosaicsExample"), system.file( file.path("extdata","input_chr21.txt"), package="mosaicsExample") ) ) ################################################### ### chunk number 28: io-mosaicsfit-io-readbin eval=FALSE ################################################### ## #line 450 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" ## inputOnlyFit <- mosaicsFit( inputOnlyBinData, analysisType="IO" ) ################################################### ### chunk number 29: tuning-ts eval=FALSE ################################################### ## #line 465 "vignettes/mosaics/inst/doc/mosaics-example.Rnw" ## exampleFit <- mosaicsFit( exampleBinData, analysisType="TS", ## meanThres=1, s=2, d=0.25 )